医疗机构销售未经注册的药品，将面临严厉的法律处罚，具体处罚措施如下：
一、行政处罚
没收违法所得与产品：
- 监管部门将依法没收医疗机构因销售未经注册药品所获得的全部违法收入。
- 同时，尚未销售的未经注册药品产品也将被没收。
罚款：
- 根据《医疗器械监督管理条例》（虽条例名称为医疗器械，但药品管理同样遵循类似严格原则，具体药品管理处罚依据为《中华人民共和国药品管理法》）的相关规定，对于销售未经注册药品的行为，货值金额不足1万元的，将面临10万元以上15万元以下的罚款（此处依据药品管理法调整，因医疗器械与药品管理在未经注册销售上的处罚逻辑相似，但药品管理法有具体规定）；货值金额1万元以上的，罚款金额为货值金额的15倍以上30倍以下。具体到药品管理，依据《中华人民共和国药品管理法》第一百二十四条，未经批准进口少量境外已合法上市的药品，情节较轻的，可以减轻或者免予处罚；但对于销售未经注册药品的一般情形，未设定具体的货值金额分段罚款标准，而是直接规定处违法销售药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。
- 示例：若医疗机构销售未经注册的药品货值金额为5万元，则将面临75万元至150万元的罚款。
吊销许可证件：
- 情节严重的，监管部门将吊销医疗机构的《医疗机构执业许可证》或相关药品经营许可证件，使其失去合法经营资格。
其他行政责任：
- 医疗机构还可能面临警告、限期整改等行政处罚，以促使其纠正违法行为并加强内部管理。
二、刑事处罚（如构成犯罪）
- 如果销售未经注册药品的行为构成犯罪，如生产、销售假药罪或生产、销售劣药罪，将依法追究刑事责任。
- 依据《中华人民共和国刑法》第一百四十一条（生产、销售假药罪）和第一百四十二条（生产、销售劣药罪）：
- 生产、销售假药的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；致人死亡或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。
- 生产、销售劣药，对人体健康造成严重危害的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；后果特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
三、民事赔偿责任
- 因销售未经注册药品给患者造成人身伤害或其他损失的，医疗机构还需依法承担民事赔偿责任。
- 赔偿范围：包括但不限于医疗费、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金以及由此产生的其他相关损失。
四、合规建议与风险防控
严格审核药品来源：
- 医疗机构应确保所采购的药品均来自合法渠道，具备完整的药品注册证书和批准文号。
建立完善的药品管理制度：
- 包括药品采购、验收、储存、使用等各个环节的管理规定，确保药品质量可控、可追溯。
加强员工培训与教育：
- 定期对员工进行药品管理法律法规和药品知识的培训，提高员工的法律意识和专业素养。
定期自查与整改：
- 定期对药品管理情况进行自查，及时发现并纠正存在的问题，防止违法违规行为的发生。
总结：医疗机构销售未经注册的药品将面临严厉的法律处罚，包括行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿责任。因此，医疗机构必须严格遵守相关法律法规，确保所销售的药品均具备合法的注册证书和批准文号，以保障患者的健康和安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。