核心结论：同城买车票被莫名其妙扣费，能否申请赔偿及赔偿倍数需分情况讨论，一般情况下难以直接主张多倍赔偿，但可通过合法途径追回损失，特定情形下可能获得惩罚性赔偿。以下是具体分析：

1. 普通合同纠纷下的赔偿
   若扣费行为属于合同履行中的违约（如系统错误、重复扣款等），根据《民法典》第五百七十七条，您有权要求运营商返还多扣款项，并可主张因违约造成的直接损失赔偿（如手续费、利息等）。但此类赔偿通常为实际损失等额补偿，不涉及倍数计算。

2. 消费者权益保护下的赔偿
   若您作为消费者购买车票，根据《消费者权益保护法》第五十五条，若运营商存在欺诈行为（如虚构扣费项目、故意多收费等），您可主张退一赔三，且赔偿金额最低为500元。但需注意：

   • 需证明运营商存在主观欺诈故意（如多次投诉未解决、恶意扣费记录等）；
     
   • 若仅为系统故障或操作失误，一般不构成欺诈，难以适用该条款。

3. 侵权责任下的赔偿
   若扣费行为涉及侵犯财产权（如未经授权扣款），根据《民法典》第一千一百八十四条，您可要求运营商返还财产并赔偿损失。但赔偿范围仍以实际损失为限，除非能证明运营商存在恶意或重大过失，否则不支持惩罚性赔偿。

4. 特殊情形下的惩罚性赔偿
   若运营商的行为同时违反《消费者权益保护法》《电子商务法》等法律，且符合以下条件，可能支持更高赔偿：

   • 故意侵权：如多次发生同类扣费问题且拒不整改；
     
   • 情节严重：如扣费金额巨大、涉及用户众多；
     
   • 法律明确规定：如某些地区性法规对特定行业（如公共交通）设定了更高赔偿标准。

行动建议：

1. 固定证据：保存扣费记录、车票凭证、与运营商的沟通记录等；
   
2. 协商解决：先联系运营商要求退款并说明理由，保留书面回复；
   
3. 投诉举报：若协商无果，可向12315（消费者协会）或当地交通管理部门投诉；
   
4. 法律途径：若损失较大或涉及欺诈，可向法院起诉，主张返还款项及赔偿。

提示：赔偿倍数需严格依据法律和事实，切勿轻信“自动赔多倍”的承诺。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。