结论：骑摩托车违法扣C1分是否合法，需根据具体违法行为及驾驶证管理规定来判断，一般情况下，若摩托车违法行为与C1驾驶证准驾车型相关联或存在合并处罚情形，扣C1分可能是合法的；但若完全无关，则可能不合法。
详细分析：
驾驶证的准驾车型与扣分机制：
- C1驾驶证主要准驾小型汽车，而摩托车通常需要E或D类驾驶证。若驾驶人仅持有C1驾驶证而驾驶摩托车，属于“准驾不符”的违法行为。
- 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》等相关规定，准驾不符的违法行为会被记分，且记分可能针对其持有的最高准驾车型（如C1）进行。因此，在这种情况下，扣C1分是合法的。
摩托车违法行为的独立性：
- 如果驾驶人同时持有C1和摩托车驾驶证（如E证），且摩托车违法行为（如闯红灯、超速等）与C1驾驶证准驾车型无关，理论上应仅对摩托车驾驶证进行记分。
- 但在实际操作中，若驾驶人未携带摩托车驾驶证或驾驶证信息未及时更新，交通管理部门可能根据其持有的C1驾驶证进行记分。这种情况下，扣C1分可能存在争议，但并非绝对不合法，需结合具体执法情况和证据来判断。
合并处罚与特殊情形：
- 在某些特殊情况下，如驾驶人同时存在多种违法行为（如准驾不符+闯红灯），交通管理部门可能根据违法行为的性质和严重程度，对驾驶证进行合并处罚，包括扣分。
- 此外，若驾驶人因摩托车违法行为导致交通事故或严重交通违法，交通管理部门可能根据相关规定对其驾驶证进行更严厉的处罚，包括扣分、吊销驾驶证等。
法律建议：
- 核实违法行为与驾驶证关系：若您因骑摩托车被扣C1分，首先应核实自己的驾驶证类型和违法行为性质。若确实存在准驾不符的情况，扣分是合法的；若违法行为与C1驾驶证无关，可向交通管理部门提出异议。
- 保留证据与申诉：若您认为扣分不合法或存在争议，应保留相关证据（如驾驶证、行驶证、违法记录等），并向交通管理部门提出申诉或申请行政复议。
- 遵守交通法规：无论何种情况，都应严格遵守交通法规，确保自身和他人的安全。若需驾驶摩托车，应确保自己持有相应的驾驶证并了解相关交通规定。
可能的法律后果：
- 若扣分合法且您未及时处理或申诉，可能导致驾驶证记分累积、罚款、暂扣或吊销驾驶证等后果。
- 若扣分不合法且您成功申诉或申请行政复议，交通管理部门将撤销扣分决定并恢复您的驾驶证记分。
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