针对您提出的问题，即单位店长让员工拿身份证一起办健康证，但结果工商检查发现是假证，持卡人会如何处理，以下是我根据相关法律和案例给出的详细解答：

首先，需要明确的是，使用假健康证是违法行为。健康证是从事食品、餐饮等行业人员必须持有的证件，它证明了持证人已经通过了相关的健康检查，没有患有可能对食品安全造成影响的疾病。使用假健康证不仅违反了卫生法规，也可能对消费者的健康造成潜在威胁。

对于持卡人（即员工）的处理：

1. 法律责任：虽然员工可能是被店长欺骗或诱导使用假健康证，但一旦被发现，员工仍然需要承担一定的法律责任。不过，在实际情况中，法律往往会根据具体情况进行裁量，如果员工能够证明自己是被欺骗或不知情的，可能会减轻或免除其法律责任。但无论如何，使用假证都是不被允许的，员工应意识到这一点并避免参与。

2. 工作影响：使用假健康证被查出后，员工可能会面临被解雇的风险。因为企业为了遵守卫生法规和保护消费者健康，通常会对使用假证的员工采取严厉措施。此外，员工的职业声誉也可能受到损害，影响未来的就业机会。

3. 建议措施：

   • 立即停止使用假证：如果员工发现自己持有的是假健康证，应立即停止使用，并向店长或企业相关部门报告。
   • 配合调查：如果工商部门或相关机构进行调查，员工应积极配合，提供真实情况和证据。
   • 寻求法律帮助：如果员工认为自己的权益受到侵害或面临不公正的处理，可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。

对于店长或企业的处理：

根据您提供的案例，店长或企业如果涉及伪造或使用假健康证，将面临更严重的法律后果。他们可能会被公安机关行政拘留、罚款，甚至被追究刑事责任。同时，涉案企业也可能被卫健部门立案查处，面临罚款、停业整顿等处罚。

总结与建议：

1. 严格遵守法律法规：无论是员工还是店长、企业，都应严格遵守卫生法规和相关法律法规，不得伪造或使用假健康证。

2. 加强内部管理：企业应加强对员工健康证的管理和审核，确保员工持有的健康证是真实有效的。

3. 提高法律意识：员工和企业都应提高法律意识，了解使用假健康证的严重后果，避免参与违法行为。

4. 积极配合调查：如果发生类似情况，员工和企业都应积极配合相关部门的调查和处理工作，以减轻或避免更严重的法律后果。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。