牵引车与挂车分别挂靠不同公司时，工伤保险赔偿责任主体一般根据“实际用工关系”和“挂靠协议约定”综合认定，具体分以下两种情况处理：

1. 若司机与某一挂靠公司存在实际用工关系（如签订劳动合同、接受日常管理、发放工资等），则由该挂靠公司承担工伤保险责任

根据《工伤保险条例》及《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》，工伤保险责任的认定以“实际用工关系”为核心。即使车辆挂靠在不同公司，若司机实际受某一挂靠公司管理（如考勤、工作安排、工资支付等），则该挂靠公司应被认定为用人单位，需承担工伤保险责任。
关键证据：劳动合同、工资流水、考勤记录、工作安排指令等能证明实际用工关系的材料。

2. 若司机与两家挂靠公司均无直接用工关系，或挂靠协议明确约定责任分担，则可能由“名义挂靠公司”或“实际受益方”承担连带责任

若司机未与任何挂靠公司签订劳动合同，且实际用工关系模糊（如由车主个人管理），此时需结合挂靠协议内容判断责任主体：

• 若挂靠协议明确约定工伤保险责任由某一公司承担，则按协议执行（但协议不得对抗第三方劳动者权益）；
  
• 若协议未约定或约定无效，根据《民法典》第1192条，挂靠人（车主）与被挂靠公司（名义挂靠方）可能需承担连带赔偿责任，尤其是当挂靠行为存在过错（如未缴纳社保、未提供安全保障）时。
  

实务建议：

• 对司机而言：保留与挂靠公司或车主的沟通记录、工资支付凭证等，证明实际用工关系；若发生工伤，优先向实际管理方主张权利，同时可要求名义挂靠方承担连带责任。
  
• 对挂靠公司而言：若作为名义挂靠方，需在协议中明确工伤保险责任归属，并监督实际用工方落实社保缴纳；若作为实际用工方，务必与司机签订劳动合同并缴纳社保，避免双重赔偿风险。
  

若涉及具体案件细节（如挂靠协议内容、实际管理方式等），可进一步向我提供信息，我会结合证据链为您分析责任主体及赔偿路径。