结论：旷工1天扣3天工资的做法，在大多数情况下是不合法的，具体是否合法需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。
分析角度一：公司规章制度与劳动合同的合法性
公司规章制度：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。公司规章制度中关于旷工处罚的规定，必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果公司规章制度中明确规定了旷工1天扣3天工资，且该规定已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么该规定在形式上可能是合法的。但是，其合法性还需进一步结合处罚的合理性来判断。
劳动合同：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了旷工1天扣3天工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定在双方之间是具有法律效力的。然而，同样地，这种约定也必须合理，不能过分苛刻或显失公平。
分析角度二：处罚的合理性
法律原则：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工1天扣3天工资，实际上是对劳动者工资的克扣，且这种克扣往往超出了劳动者旷工所造成的实际损失。因此，从法律原则上看，这种处罚方式可能缺乏合理性。
实际损失：用人单位在制定旷工处罚规定时，应当考虑旷工行为给用人单位造成的实际损失。旷工1天，用人单位可能损失的是该劳动者1天的劳动成果或需要支付其他替代劳动者的费用。然而，将这种损失扩大为3天的工资，显然是不合理的。
分析角度三：可能的法律后果
劳动者维权：如果用人单位违法克扣劳动者工资，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
用人单位风险：用人单位如果违法制定或执行旷工处罚规定，可能面临劳动监察部门的处罚、劳动仲裁的败诉风险以及声誉损害等不利后果。
建议：
对于劳动者：如果遇到用人单位违法克扣工资的情况，应当及时收集证据（如工资条、考勤记录、劳动合同等），并向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于用人单位：应当依法制定合理的旷工处罚规定，确保处罚的合法性和合理性。同时，加强与劳动者的沟通，提高劳动者的法律意识和纪律意识，减少旷工行为的发生。
示例：假设某劳动者月工资为6000元，旷工1天被扣3天工资，即被扣1800元（6000元/30天*3天*2，此处按实际出勤天数计算单日工资，但为简化说明，直接按比例计算）。如果该劳动者认为这种处罚不合理且违法，他可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的1800元工资及可能的赔偿金。