合并开发票是否违法需分情况讨论，具体如下：
若合并开发票符合真实交易背景且符合税法规定，则不违法
根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。若企业因同一客户的多笔交易或同一项目的不同阶段交易，在真实交易背景下合并开具一张发票，且发票内容与实际交易相符（如注明具体项目、金额等），同时符合税务机关对发票开具的规范要求（如备注栏填写、税率适用等），则属于合法行为。例如，某企业为同一客户连续三个月提供咨询服务，每月费用1万元，在第三个月结算时合并开具一张3万元的发票，并注明各月服务内容及金额，此行为合法。
若合并开发票违反真实交易背景或税法规定，则可能违法
- 虚开发票行为：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，不得让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，不得介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。若企业将无真实交易的业务合并开具发票（如虚构交易、虚增金额），或为他人虚开发票（如“开票公司”为他人开具与实际业务无关的发票），则构成虚开发票，可能面临税务机关的行政处罚（如没收违法所得、罚款），情节严重的可能构成虚开发票罪（《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一），承担刑事责任。
- 未按规定开具发票：即使交易真实，若合并开发票时未按规定填写完整信息（如未注明项目明细、税率适用错误、未加盖发票专用章等），或违反税务机关对发票开具的其他要求（如特定业务需分开开具发票），则可能被认定为“未按规定开具发票”，面临税务机关的责令改正、罚款等处罚。例如，某企业将销售货物与提供运输服务的交易合并开具一张发票，但未分别注明金额及税率，导致税务机关无法准确核算税款，此行为可能违法。
建议：企业合并开发票时，需确保交易真实、内容完整、符合税法规定。若对具体操作存在疑问，可直接向我咨询，我将结合交易背景、发票内容及税法规定提供专业分析。