农村自建房仅有建房许可证，一般不能直接认定为完全合法，还需结合其他条件综合判断。具体分析如下：

1. 建房许可证的法律意义
   建房许可证是农村自建房合法性的核心依据之一，它证明房屋建设已获得行政机关的初步许可，符合土地利用规划、宅基地使用条件等基本要求。但需注意：

   • 许可证内容：需明确许可的宅基地范围、建筑面积、层数等，若实际建设超出许可范围（如超面积、超层数），则超出部分可能被认定为违法建设。
     
   • 审批程序：若许可证的取得存在程序瑕疵（如未公示、未征求利害关系人意见），可能面临被撤销或确认无效的风险。

2. 合法性的其他必要条件
   除建房许可证外，农村自建房还需满足以下条件才能被认定为完全合法：

   • 宅基地使用权合法：需通过合法途径取得宅基地使用权（如继承、分配、转让等），且未违反“一户一宅”原则。若宅基地本身存在权属争议或未取得使用权证，房屋可能面临被认定为违法建筑的风险。
     
   • 符合城乡规划：房屋建设需符合乡镇总体规划、村庄规划等要求。若在规划禁止建设区域（如生态保护区、水源地等）建房，即使有许可证，也可能因违反规划而被拆除。
     
   • 竣工验收合格：部分地区要求房屋建成后需通过竣工验收，未经验收或验收不合格的，可能影响房屋的合法性认定。

3. 仅有建房许可证的风险
   若房屋仅持有建房许可证，但未满足上述其他条件，可能面临以下后果：

   • 行政处罚：如被认定为违法建设，可能面临限期改正、罚款、拆除等处罚。
     
   • 产权登记受限：未完全合法的房屋可能无法办理不动产登记，影响后续转让、继承等权益。
     
   • 拆迁补偿风险：在拆迁中，违法建设部分可能无法获得全额补偿。

建议：

• 核对建房许可证的内容与实际建设情况是否一致，确保无超建、改建等行为。
  
• 确认宅基地使用权合法，无权属争议或违反“一户一宅”原则。
  
• 咨询当地规划部门或乡镇政府，确认房屋是否符合城乡规划要求。
  
• 若房屋已建成，可申请竣工验收或补办相关手续，完善合法性要件。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体地区政策为您详细解答。