结论：学校因学生不交三方协议而延毕的行为，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若学校有明确规定且该规定不违反法律法规强制性规定，同时学生知晓并同意，则可能合法。
分析如下：
学校规定与法律法规的冲突：
- 学校作为教育机构，其规章制度应当符合国家法律法规的规定。三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议，并非毕业的前置条件。根据《中华人民共和国教育法》及《普通高等学校学生管理规定》等相关法律法规，学生完成学业要求，达到毕业标准的，学校应当准予毕业，颁发毕业证书。
- 若学校将不交三方协议作为延毕的理由，且该规定未在入学时明确告知学生，或该规定违反了法律法规的强制性规定，那么学校的行为可能构成违法。
学校规定的合法性与合理性：
- 如果学校在入学时或相关规章制度中明确规定了不交三方协议将作为延毕的条件，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时学生入学时已知晓并同意该规定，那么在这种情况下，学校因学生不交三方协议而延毕的行为可能具有合法性。但即便如此，学校也应提供合理的解释和依据，确保规定的合理性和公正性。
- 然而，从实际操作和合理性角度来看，将不交三方协议作为延毕的条件可能并不合理。因为三方协议主要是用于规范毕业生、用人单位和学校之间的就业关系，与学生的学业完成情况无直接关联。学校应更关注学生的学业成绩和综合素质，而非是否签订了三方协议。
学生的权益保护：
- 学生作为教育消费者，享有接受合格教育的权利。如果学校因学生不交三方协议而延毕，学生可以首先与学校沟通协商，了解延毕的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，学生可以向当地教育行政部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。在投诉或寻求法律援助时，学生应提供相关证据，如学校的规章制度、入学时的告知书、学业成绩单等，以证明自己的权益受到了侵害。
建议：
- 对于学生而言，应仔细阅读学校的规章制度，了解毕业的相关要求。如果学校要求签订三方协议作为毕业条件，且该要求未在入学时明确告知或违反了法律法规的强制性规定，学生可以提出异议并寻求法律援助。
- 对于学校而言，应合理设置毕业条件，确保规章制度符合国家法律法规的规定。同时，学校应加强与学生的沟通，解释毕业条件的相关规定，避免因信息不对称而引发的纠纷。
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