学校以不签三方协议为由拒绝发放毕业证是不合法的，学生应依法维护自身权益，确保获得应有的毕业证书。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与毕业条件
毕业条件的法定性：
- 根据《普通高等学校学生管理规定》，学生毕业的条件主要包括修完教育教学计划规定内容、成绩合格、达到学校毕业要求，并在德、智、体、美、劳等方面达到相应标准。这些条件是判断学生是否具备毕业资格的唯一依据。
- 三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面表现形式。它并非毕业证领取的必要条件，而是基于就业意向的约定文件。因此，学校不能将签订三方协议作为毕业的必要条件。
学校行为的违法性：
- 学校若以学生不签订三方协议为由拒绝颁发毕业证书，很可能违反了《中华人民共和国教育法》和《普通高等学校学生管理规定》。这些法律法规明确规定，学校应当为学生颁发相应的学业证书，且不得违反国家规定向学生收取费用或附加其他不合理条件。
- 学校的这种做法还可能侵犯了学生的自主选择就业权。学生有权利根据自己的意愿选择是否签订三方协议，学校应尊重这一权利，不得以此为由限制或剥夺学生的毕业资格。
二、学生应对措施
与学校沟通协商：
- 首先尝试与学校相关部门（如教务处、就业指导中心等）进行友好沟通，明确表达自己已达到学业要求，要求学校按规定发放毕业证。
- 向学校说明教育部关于毕业证发放与签约不得挂钩的规定，以及《普通高等学校学生管理规定》中关于毕业条件的相关条款，要求学校纠正错误做法。
- 沟通过程中，应保留好所有沟通记录，包括聊天记录、邮件、通话录音等，以备后续使用。
收集证据材料：
- 若学校坚持不当做法，学生应主动收集相关证据，如学校通知、政策文件、沟通记录等。这些证据在后续投诉或法律诉讼中将起到关键作用。
向上级部门反映与投诉：
- 若直接沟通无果，可向学校的上级管理部门（如党委、纪委、主管教学的校领导）反映情况，寻求帮助和协调。
- 向当地教育主管部门（如教育局、教育厅）提交书面投诉材料，详细说明情况并提供证据，请求对学校的不当行为进行调查和纠正。
考虑法律途径：
- 在上述方法均无效的情况下，学生可考虑通过法律诉讼等方式来维护自己的合法权益。法律诉讼需要耗费时间、精力和费用，因此应谨慎决策，并在充分准备后进行。
- 在法律诉讼中，学生可以依据《中华人民共和国教育法》和《普通高等学校学生管理规定》等相关法律法规，主张学校行为违法，要求学校颁发毕业证书并可能要求赔偿因此造成的损失。
三、注意事项与后续行动
- 保持冷静理性：在整个过程中，学生应保持冷静和理性，确保自身行为合法合规，避免采取过激行为。
- 密切关注进展：学生应密切关注投诉或诉讼的进展情况，确保自己的权益得到及时有效的维护。
- 考虑赔偿责任：若因学校的不当行为导致学生遭受了其他损失（如就业机会延误等），且有充分证据支持，学生可考虑追究学校的赔偿责任。
综上所述，面对学校因未签署三方协议而拒绝发放毕业证的情况，学生应明确法律依据，采取合理有效的措施来维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。