交过耕地占用税并不直接等同于厂房合法，厂房的合法性需综合多方面因素判断。以下从不同角度为你详细分析：
耕地占用税的性质与目的
耕地占用税是对占用耕地建房或者从事其他非农业建设的单位和个人征收的一种特定行为税。其目的在于保护耕地资源，防止耕地被非法占用和滥用，确保农业生产的持续发展。缴纳耕地占用税，只是表明占用耕地的行为在税收层面得到了处理，但并不意味着该占用行为在土地管理、规划等法律层面就完全合法。
厂房合法性的判断标准
土地用途合规性：
- 厂房建设必须符合土地利用总体规划和城乡规划，即所占用土地必须被规划为建设用地，而非耕地（除非经过合法程序变更土地用途）。
- 如果厂房建设在未经批准擅自改变用途的耕地上，即使缴纳了耕地占用税，也仍然属于违法建设。
建设审批手续：
- 厂房建设需要取得相关的建设审批手续，如建设工程规划许可证、施工许可证等。
- 缺乏这些审批手续，即使缴纳了耕地占用税，厂房也可能因违法建设而被拆除或面临其他法律责任。
环保与安全要求：
- 厂房建设还需符合环保和安全要求，如通过环境影响评价、取得安全生产许可证等。
- 这些要求与耕地占用税的缴纳无直接关联，但同样是判断厂房合法性的重要因素。
实际案例与法律后果
- 案例一：某企业未经批准在耕地上建设厂房，并缴纳了耕地占用税。后因土地用途不合规和缺乏建设审批手续，被相关部门责令拆除厂房，并处以罚款。
- 案例二：另一企业同样在耕地上建设厂房，但事先通过合法程序变更了土地用途，并取得了所有必要的建设审批手续。虽然也缴纳了耕地占用税，但厂房建设合法，未受到任何法律处罚。
建议与措施
- 核查土地用途与规划：在建设厂房前，务必核查所占用土地的土地用途和规划情况，确保符合建设用地要求。
- 办理建设审批手续：按照相关法律法规的要求，办理所有必要的建设审批手续，确保厂房建设的合法性。
- 关注环保与安全要求：在厂房建设过程中，严格遵守环保和安全要求，确保厂房符合相关标准。
- 咨询专业律师：如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
总结来说，交过耕地占用税并不直接决定厂房的合法性。厂房的合法性需综合土地用途、建设审批手续、环保与安全要求等多方面因素判断。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。