公司产品被查，通常是由市场监督管理部门（原工商行政管理部门、质量技术监督部门和食品药品监督管理部门等合并而来）负责处理，但具体还需根据产品类型和被查原因来确定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 市场监督管理部门：

   • 这是最主要的负责部门，负责市场监管和行政执法工作。如果公司产品存在质量问题、虚假宣传、侵犯消费者权益等违法行为，市场监督管理部门有权进行查处。
   • 例如，如果公司生产的食品不符合食品安全标准，或者公司销售的商品存在假冒伪劣情况，市场监督管理部门将会介入调查，并可能对公司进行处罚。

2. 其他相关部门：

   • 除了市场监督管理部门外，还有其他一些部门也可能根据具体情况对公司产品进行查处。
   • 海关：如果公司产品涉及进出口，且存在走私、偷逃税款等违法行为，海关将会进行查处。
   • 税务部门：如果公司产品销售过程中存在偷税漏税等税务问题，税务部门将会介入调查。
   • 环保部门：如果公司生产过程中存在环境污染问题，环保部门将会对公司进行查处。
   • 特定行业监管部门：对于某些特定行业，如医药、金融等，还有专门的监管部门负责监管和查处违法行为。

3. 处理流程：

   • 当公司产品被查时，相关部门通常会先进行调查取证，包括现场检查、询问当事人、查阅相关文件等。
   • 如果调查发现公司存在违法行为，相关部门将会依法对公司进行处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停产停业等。
   • 公司有权对处罚决定提出异议，并可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。

建议：

• 如果公司产品被查，公司应积极配合相关部门的调查工作，如实提供相关证据和信息。
• 同时，公司也应尽快查明原因，采取措施纠正违法行为，以避免进一步的法律后果。
• 如果公司对处罚决定有异议，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。