首先明确结论：您可以根据与老板的沟通情况、公司规章制度以及自身意愿，选择合适的方式回复老板，核心原则是保持礼貌、清晰表达想法并确认工资相关事宜。

具体回复方式及要点分析：

• 若您希望继续保持现状（不扣工资且正常休息）：
  • 可以回复老板表达感谢，例如“老板，非常感谢您没有扣我休息这半天的工资，我会继续努力工作，不辜负您的信任。”这样的回复既体现了您的感恩之情，也让老板知道您认可他的做法，有助于维护良好的上下级关系。
  • 同时，如果您对公司关于休息和工资的规章制度不太清楚，也可以借此机会询问老板，比如“老板，我想确认一下，咱们公司对于员工休息半天不扣工资是有明确规定的吗？我想了解一下，以后也好按照规定来。”这样既能满足您对制度了解的需求，也能让老板感受到您对工作的认真态度。
• 若您觉得休息半天不扣工资不太合适，想主动提出扣除：
  • 回复时要诚恳且尊重老板的决定，例如“老板，我休息了半天，按照公司的常规做法或者我的理解，应该扣除相应的工资。您没有扣我工资，我很感激，但我觉得还是按照规定来比较好，这样对公司和其他员工也公平。您看是不是可以扣除我这半天的工资呢？”这样的回复既表明了您的态度，又尊重了老板的初衷，同时也体现了您的公平意识和对公司制度的尊重。
  • 如果老板坚持不扣，您可以再次表达感谢，并表示会在今后的工作中更加努力，以实际行动回报老板的信任，比如“老板，既然您这么说了，那我就不再坚持了。真的非常感谢您对我的照顾，我以后一定会更加努力工作，为公司创造更多的价值。”
• 若您对休息半天不扣工资的情况存在疑虑，担心后续会有问题：
  • 可以委婉地向老板表达您的担忧，例如“老板，我休息了半天您没扣我工资，我特别感激。不过我心里还是有点担心，不知道这样会不会对公司后续的工资核算或者管理造成什么影响？您能不能给我解释一下，让我心里也踏实点。”这样的回复既表达了您的感激，又提出了您的疑虑，有助于老板给您一个合理的解释，消除您的顾虑。
  • 在得到老板的解释后，无论您是否理解，都要再次表示感谢，并根据老板的解释调整自己的心态和工作状态。如果老板的解释让您完全放心，您可以回复“老板，听您这么一说我就明白了，真的特别感谢您这么耐心地给我解释，我会好好工作的。”如果老板的解释没有完全消除您的疑虑，您可以进一步提出自己的想法，但要注意方式方法，避免引起不必要的矛盾。