面对文物保护工程施工设计单位不配合的情况，您可以采取以下措施来应对：
明确合同条款与责任：
- 首先，回顾您与施工设计单位签订的合同，特别是关于双方权利、义务以及违约责任的部分。合同中通常会明确规定设计单位应提供的服务内容、配合义务以及违约时的处理方式。
- 如果合同中有明确的配合义务条款，而设计单位未履行，您可以依据合同条款要求其承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
沟通协商与书面催告：
- 在采取法律手段之前，建议先尝试与设计单位进行沟通协商，了解其不配合的具体原因，并寻求解决方案。
- 如果沟通无果，您可以向设计单位发出书面催告函，明确指出其不配合的行为已构成违约，并要求其在一定期限内改正。书面催告函应保留好送达证据，以备后续使用。
寻求第三方调解或仲裁：
- 如果双方无法通过协商解决争议，您可以考虑寻求第三方调解或仲裁。调解通常由行业协会、调解机构或专业人士进行，旨在通过中立的方式促成双方达成和解。
- 仲裁则是一种更为正式的争议解决方式，双方可以在合同中约定仲裁条款，或者事后达成仲裁协议。仲裁裁决具有法律效力，双方必须履行。
提起诉讼：
- 如果调解或仲裁均无法解决问题，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明设计单位的不配合行为以及因此给您造成的损失。
- 法院将根据事实和法律规定作出判决，要求设计单位承担相应的法律责任。如果设计单位拒不履行判决，您还可以申请强制执行。
注意证据收集与保存：
- 在整个过程中，务必注意收集和保存与争议相关的所有证据，包括但不限于合同、沟通记录、书面催告函、损失证明等。
- 这些证据将在后续的调解、仲裁或诉讼中发挥关键作用，有助于您维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 文物保护工程施工设计单位的配合义务是合同履行的重要组成部分，其不配合行为可能构成违约，应承担相应的法律责任。
- 在处理此类争议时，建议您保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。同时，也可以考虑咨询专业律师的意见，以获取更具体和个性化的法律建议。
可能的法律后果：
- 如果设计单位被认定构成违约，可能需要承担赔偿损失、支付违约金等法律责任。
- 在极端情况下，如果设计单位的行为构成严重违约或违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任。
面对文物保护工程施工设计单位不配合的情况，您应首先明确合同条款与责任，尝试沟通协商与书面催告，必要时寻求第三方调解或仲裁，甚至提起诉讼。在整个过程中，务必注意证据收集与保存，并考虑咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。