在证据确凿、事实清楚的民事案件中，法院通常会按照以下流程处理，我为你详细梳理如下：

1. 程序简化与快速审理
   根据《民事诉讼法》第152条，若案件事实清楚、权利义务关系明确、争议不大，法院可适用简易程序（独任审判，3个月内审结）或小额诉讼程序（标的额较小，一审终审）。例如借款纠纷中借条、转账记录齐全，法院会优先适用快速程序。

2. 举证责任分配的特殊性
   此时举证责任会向被告倾斜。若原告已提供直接证据（如合同、录音、监控录像等）形成完整证据链，被告需提出足以推翻的相反证据，否则将承担举证不能的不利后果。例如在离婚诉讼中，若一方提供家暴报警记录、医院诊断证明等，另一方否认但无证据支持的，法院将采信现有证据。

3. 调解程序的强制适用
   根据《民事诉讼法》第96条，法院在开庭前会主动组织调解。即使事实清楚，若双方同意调解，法院可制作调解书（具有强制执行力）。例如物业费纠纷中，业主对欠费事实无异议但主张服务不达标，法院可能协调减免部分费用。

4. 判决阶段的重点审查
   法院会重点审查：

   • 证据的三性（真实性、合法性、关联性）
     
   • 是否存在程序瑕疵（如证据是否经过质证）
     
   • 法律适用准确性
     例如在买卖合同纠纷中，法院会核对送货单、验收单、发票等证据是否相互印证，再依据《民法典》第595条判定合同效力。

5. 特殊情形的处理

   • 缺席判决：被告经传票传唤无正当理由拒不到庭的，法院可缺席审理并判决
     
   • 先予执行：对追索赡养费、医疗费等紧急案件，法院可裁定被告先行支付
     
   • 司法确认：对调解协议可申请法院出具确认裁定，赋予强制执行力
     

实务建议：

1. 即使事实清楚，仍需注意诉讼时效（一般为3年）和管辖法院选择
   
2. 建议制作证据清单，按时间顺序或证明目的分类编排
   
3. 对专业性较强的证据（如鉴定报告），可申请专家辅助人出庭
   

如需进一步分析具体案件类型（如合同纠纷、侵权纠纷等）的处理要点，可以告诉我案件细节，我会结合《民事诉讼证据规定》等司法解释为你详细解答。