当员工持有公司股份并考虑辞职时，其股份的处理方式确实是一个需要细致考虑的问题，它涉及公司章程、相关协议以及法律法规等多个层面。以下是对这一问题的详细解答：
一、首要依据：公司章程
公司章程是处理员工离职时股份的首要参考。如果公司章程中有明确规定，比如公司有权在员工离职时以特定价格回购其股份，或者规定了其他具体的处理方式，那么应当严格按照公司章程来执行。回购价格的确定可能基于多种因素，如上一年度公司净资产对应的每股价格，或者参照员工的原始出资额并考虑公司的经营业绩进行调整。
二、重要参考：与公司签订的协议
员工在入职时，可能与公司签订了关于股权的专门协议，如股权激励协议。这些协议中通常会详细约定离职时股份的处理办法，包括但不限于服务年限要求、回购价格、转让条件等。因此，在处理离职员工的股份时，必须仔细审查这些协议，并确保双方依约履行。
三、法律框架：相关法律法规
在无特殊约定或规定的情况下，离职员工通常享有选择权，可以继续持有股份或将其转让给其他股东。但需注意以下几点：
董事、监事、高级管理人员的限制：如果离职员工同时担任公司董事、监事或高级管理人员，根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，其在离职后半年内不得转让所持有的本公司股份。
外部转让的限制：若离职员工选择将股份转让给股东以外的人，还需经过其他股东过半数同意，并在同等条件下保障其他股东的优先购买权。
四、特殊情况的处理
原始股股东或特定股权激励计划下的员工：对于这类员工，其辞职后可能面临更具体的股份处理规定。例如，原始股股东可能需在离职后的一定期限内转让股份给公司；股权激励计划可能设定了特定的转让时间、转让价格等限制。
信托计划等实施的持股：如果员工持股是通过信托计划等实施的，离职员工还需遵守相关计划的规定，可能涉及转让时间、方式等方面的特殊要求。
五、操作建议
离职员工：在决定如何处理股份前，应仔细查阅公司章程、相关协议及法律法规，明确自己的权利和义务。如有疑问，可咨询专业律师或财务顾问。
公司：应制定合理的股权处理方案，确保处理过程透明、公正，并充分保障员工的合法权益。同时，公司也应加强与员工的沟通，确保双方对股份处理方式有共同的理解。
争议解决：在处理过程中，若涉及复杂的法律问题或产生争议，建议及时寻求专业律师的帮助，通过协商、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
综上所述，员工辞职后股份的处理方式需综合考虑公司章程、相关协议及法律法规等多个方面。确保处理过程的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。