面对合同案件已经持续三年的情况，处理起来确实需要综合考虑多个方面，以下是我为您提供的详细建议：
一、确认诉讼时效状态
首先，您需要确认该合同纠纷是否仍在诉讼时效期间内。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
未超过时效：如果您在这三年内曾通过协商、催告、起诉等方式主张过权利（如发送律师函、提起诉讼等），则诉讼时效可能中断并重新计算。此时，您仍然可以正常通过法律途径维护自己的权益。
已超过时效：如果您未采取任何行动导致时效届满，对方可能会以“诉讼时效抗辩”为由拒绝履行义务。但请注意，法院不会主动审查时效问题，这需要由对方提出抗辩。而且，在某些特定情形下（如债务人自愿履行债务），时效抗辩可能不成立。
二、评估并收集证据
无论诉讼时效是否已过，证据都是维权的关键。您需要收集并整理以下核心证据：
合同文本：包括主合同、附件、补充协议等，以明确双方的权利义务。
履约记录：如付款凭证、交货单据、验收报告等，证明实际履行情况的材料。
沟通记录：邮件、短信、会议纪要等能反映争议焦点的书面证据。
损失证明：因违约导致的直接经济损失，如货款拖欠、违约金计算依据等。
如果原始证据不足，您可以尝试通过录音、公证等方式固定新证据，或者向第三方机构（如行业协会、鉴定机构）申请出具专业意见辅助证明。
三、选择纠纷解决路径
根据具体情况，您可以选择以下纠纷解决路径：
协商解决：如果双方仍有合作意愿或希望降低维权成本，可以通过书面形式提出和解方案，明确责任划分与赔偿金额。必要时，可以引入中立第三方进行调解。
仲裁/诉讼程序：
替代性纠纷解决机制（ADR）：如行业调解、专家评审等非对抗性方式，适用于希望快速化解矛盾的场景。
四、执行阶段注意事项
如果您通过法律途径获得了胜诉判决，但在执行阶段遇到困难，您需要注意以下几点：
财产线索调查：提前查询对方名下可供执行的资产，如银行账户、房产、车辆等。
保全措施申请：在诉前或诉中向法院申请财产保全，防止对方转移资产。
失信惩戒联动：如果对方拒不履行判决，您可以申请将其列入失信被执行人名单，以对其施加信用惩戒。
五、特殊考虑
债务人自愿履行：即使诉讼时效已过，如果债务人自愿同意履行债务，则不得以诉讼时效期间届满为由抗辩。
多元化解决方式：考虑到诉讼过程可能复杂且成本较高，您也可以考虑与债务人进行和解或调解，以达成双方都能接受的还款协议。
综上所述，面对合同案件已经持续三年的情况，您需要全面考虑诉讼时效、证据收集、沟通协商及法律措施等多方面因素，采取合适的策略来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。