文明施工安全防护费用是否含在主体内，需根据具体情况及合同约定来判断，一般情况下，若合同有明确约定且符合相关法律法规，则是合法的。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确约定了文明施工安全防护费用包含在主体工程造价内，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的，双方应按照合同约定履行。
- 例如，合同中可能规定：“本工程总造价包括但不限于主体结构施工费用、文明施工安全防护费用等，乙方（承包方）应按照相关要求进行文明施工，并承担相应费用。”
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定文明施工安全防护费用是否包含在主体内，或者约定不明确，那么双方可能需要根据相关法律法规、行业惯例或交易习惯来确定费用的承担方式。
- 在这种情况下，如果双方无法达成一致，可能会引发纠纷，需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
法律法规角度
符合法律法规规定：
- 文明施工安全防护费用的承担应符合相关法律法规的规定。例如，根据《建设工程安全生产管理条例》等相关法规，施工单位有义务采取必要的安全防护措施，确保施工安全。
- 如果法律法规或地方性规章对文明施工安全防护费用的承担有明确规定，那么双方应遵守这些规定。例如，某些地区可能规定文明施工安全防护费用应由建设单位单独支付，不计入主体工程造价。
违反法律法规规定：
- 如果合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，那么该约定是无效的。例如，如果合同约定由施工单位承担全部文明施工安全防护费用，但根据法律法规规定，这部分费用应由建设单位承担，那么该约定就是违法的。
实际操作建议
明确合同条款：
- 在签订建设工程合同时，双方应明确约定文明施工安全防护费用的承担方式，包括是否包含在主体工程造价内、具体金额或计算方式等。
- 合同条款应尽可能详细、明确，以避免后续纠纷。
遵守法律法规：
- 双方应遵守相关法律法规的规定，确保文明施工安全防护费用的承担方式合法合规。
- 如果对法律法规的规定不明确或存在疑问，可以咨询专业律师或相关部门。
及时沟通协商：
- 在施工过程中，如果双方对文明施工安全防护费用的承担方式存在争议或疑问，应及时沟通协商，寻求解决方案。
- 通过友好协商，可以避免纠纷的升级和扩大化。
总结来说，文明施工安全防护费用是否含在主体内，需根据合同约定和法律法规来判断。在签订合同时，双方应明确约定费用的承担方式，并遵守相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。