公司组织培训迟到了扣钱是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，公司有权制定规章制度来管理员工行为，包括培训纪律。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了培训迟到将扣除一定金额的工资或奖金，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准、不构成克扣工资等），那么公司扣钱的行为可能是合法的。
   • 但需注意：规章制度必须经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者公示或告知，否则可能因程序不合法而不被认可。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 如果公司没有明确的规章制度或劳动合同条款规定培训迟到可以扣钱，那么公司擅自扣钱的行为可能构成违法。因为根据劳动法规，公司不得随意克扣员工工资，除非有法定事由（如员工造成公司损失且需赔偿等）。

3. 关于扣钱的合理性：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有规定，扣钱的金额也应当合理。如果扣钱金额过高，可能被视为不合理或违法。例如，如果迟到一次就扣除员工当月大部分工资，这显然是不合理的。
   • 合理性判断：通常，扣钱的金额应当与迟到的严重程度、对公司造成的影响等因素相匹配。如果扣钱金额明显过高，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 建议行动：

   • 员工方面：如果认为公司扣钱行为不合法或不合理，可以先与公司沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和合理性。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 公司方面：建议公司在制定规章制度时明确培训纪律和相应的处罚措施，并确保这些规定符合法律法规的要求。同时，在执行处罚时应当合理、公正，避免引起不必要的劳动纠纷。

总结：公司组织培训迟到了扣钱是否合法，取决于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定、规定的程序是否合法以及扣钱的金额是否合理。如果员工对此有疑问或认为公司行为不合法，建议及时咨询专业律师或向劳动监察部门投诉。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。