民事主体间房屋拆迁补偿合同纠纷确实受时效限制，这一结论基于我国现行的法律法规，并具体体现在行政诉讼和民事诉讼两个层面。以下是对这一问题的详细解析：

一、行政诉讼时效

在房屋拆迁补偿合同纠纷中，如果涉及对行政机关作出的拆迁决定、补偿决定等具体行政行为不服而提起的诉讼，那么应当遵循行政诉讼的时效规定。

1. 一般时效：

   • 根据《行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这意味着，如果您对拆迁补偿决定不服，必须在知道或应当知道该决定作出之日起六个月内提起诉讼。

2. 最长保护期：

   • 对于因不动产（如房屋）提起诉讼的案件，自行政行为作出之日起超过二十年提起诉讼的，人民法院不予受理。这一规定特别强调了不动产案件时效的重要性，提醒您务必在法定期限内行使权利。

二、民事诉讼时效

如果房屋拆迁补偿合同纠纷属于民事纠纷范畴，如拆迁补偿安置协议的履行纠纷等，那么应当遵循民事诉讼的时效规定。

1. 一般时效：

   • 根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于房屋拆迁补偿合同纠纷，即您必须在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。

2. 最长保护期限：

   • 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但如有特殊情况，人民法院可根据您的申请决定延长。这一规定设定了民事诉讼时效的上限，同时保留了特殊情况下的灵活性。

3. 诉讼时效的中止与中断：

   • 在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人无法定代理人等法定障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
   • 有权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形之一的，诉讼时效中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。

三、实际操作建议

1. 及时行使权利：无论是行政诉讼还是民事诉讼，时效都是非常重要的法律概念。您必须在法定期限内行使权利，否则可能会丧失胜诉权。

2. 保留相关证据：在处理房屋拆迁补偿合同纠纷时，务必保留好与拆迁相关的所有证据，如拆迁协议、补偿决定、支付凭证等。这些证据将在诉讼中起到至关重要的作用。

3. 寻求法律帮助：如果您对房屋拆迁补偿合同纠纷的时效问题或其他法律问题存在疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，民事主体间房屋拆迁补偿合同纠纷确实受时效限制。您必须充分了解并遵守相关的时效规定，及时行使自己的权利，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。