在处理遗赠抚养协议中的遗产时，我们首先要明确的是，当遗赠抚养协议与遗嘱同时存在时，遗赠抚养协议具有优先效力。这是基于《中华人民共和国民法典》的相关规定，遗赠抚养协议作为遗赠人与扶养人之间订立的特殊合同，其法律效力高于遗嘱。

一、遗赠抚养协议优先的原则

遗赠抚养协议是双方自愿达成的，扶养人承担遗赠人生养死葬的义务，而遗赠人则将其合法财产的一部分或全部于死后转移给扶养人。这种双务有偿的法律行为，体现了双方的合意和权益保障，因此法律赋予了它最高的优先地位。

二、具体处理方式

1. 无冲突情况：

   • 如果遗赠抚养协议和遗嘱处分的是不同的财产，那么二者可以同时生效。扶养人按照遗赠抚养协议取得相应财产，遗嘱继承人或受遗赠人则按照遗嘱取得遗嘱中处分的财产。这种情况下，遗产的处理相对简单，只需按照各自的约定进行分配即可。

2. 有冲突情况：

   • 若遗赠抚养协议和遗嘱对同一财产作出了不同的处分，此时应当优先执行遗赠抚养协议。例如，遗赠人先与扶养人签订了关于某房产的遗赠抚养协议，后又立下遗嘱将该房产留给其他人。根据法律规定，该房产应按照遗赠抚养协议归扶养人所有，遗嘱中关于该房产的处分无效。

三、纠纷解决与特殊情况处理

1. 纠纷解决：

   • 如果遗赠人在签订遗赠抚养协议后又订立遗嘱变更财产处分，可能引发纠纷。在这种情况下，扶养人可以依据协议追究遗赠人的违约责任。若协商不成，可以通过向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

2. 特殊情况处理：

   • 当然，如果遗赠抚养协议或遗嘱存在无效或可撤销的情形（如违反法律法规、违背公序良俗、遗嘱人非完全民事行为能力人等），则需要根据具体情况进行法律判断和处理。例如，如果遗赠抚养协议是在遗赠人受胁迫或欺诈的情况下签订的，那么该协议可能被视为无效。

四、实际案例说明

假设甲立下遗嘱，将其房产留给子女乙。但后来，甲又与丙签订了遗赠抚养协议，约定由丙负责甲的晚年生活照料，并在甲去世后获得其房产。在这种情况下，根据法律规定，遗赠抚养协议具有优先于遗嘱的效力。因此，尽管甲立下了遗嘱将房产留给乙，但由于遗赠抚养协议的存在，该房产最终应由丙继承。

综上所述，处理遗赠抚养协议中的遗产时，我们应首先确认遗赠抚养协议和遗嘱的法律效力，并根据法律规定的效力顺序来确定如何处理。在大多数情况下，由于遗赠抚养协议具有更高的法律优先地位，因此应优先执行遗赠抚养协议。如果遇到纠纷或特殊情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。