在交通事故中对方全责且您申请了工伤的情况下，第三方保险是否赔付误工费需分情况讨论，具体如下：

1. 工伤保险与第三方责任保险的赔付原则
   根据《社会保险法》及《工伤保险条例》，工伤保险与第三方侵权责任（如交通事故全责方）属于不同法律关系。若交通事故被认定为工伤，您可同时主张工伤保险待遇和第三方侵权赔偿（即“双赔”原则），但需注意：

   • 医疗费用：工伤保险与第三方保险通常不可重复获赔（需凭票据原件主张一次）；
     
   • 误工费（停工留薪期工资）：工伤保险会按您原工资福利按月支付停工留薪期工资，而第三方责任保险（如交强险或商业三者险）的赔付范围可能包含“误工费”，但需以实际损失为限。若工伤保险已足额支付，第三方保险原则上不再重复赔付；若工伤保险未覆盖全部损失（如停工留薪期超过工伤认定时限），可向第三方主张差额部分。

2. 第三方保险的具体赔付逻辑

   • 交强险：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险在死亡伤残赔偿限额（18万元）内赔付“误工费”，但需提供医院出具的病假证明、收入证明等材料；
     
   • 商业三者险：若对方购买了商业三者险，保险公司会根据合同约定赔付“误工费”，但需扣除交强险已赔付部分，且需证明实际收入减少（如银行流水、纳税证明等）。
     
   • 关键点：若您已通过工伤保险获得停工留薪期工资，第三方保险可能以“无实际损失”为由拒赔误工费，但若工伤保险未覆盖全部停工期间（如工伤认定前或超出12个月），可主张第三方补足差额。

3. 实务操作建议

   • 同步申请：立即向用人单位申请工伤认定，并要求对方司机及其保险公司赔付交通事故损失（包括误工费）；
     
   • 证据保留：保存医院病假单、工资银行流水、纳税证明、工伤认定书等材料，以证明误工时间及收入水平；
     
   • 协商或诉讼：若第三方保险拒赔，可先通过交警部门调解，调解不成可向法院起诉对方司机及保险公司，要求赔付误工费差额（需明确工伤保险已支付金额及未覆盖部分）。

总结：若工伤保险未完全覆盖您的误工损失，可向第三方保险主张差额部分；若已足额覆盖，第三方保险通常不再赔付。具体需结合工伤停工留薪期时长、收入证明及保险合同条款综合判断。如有进一步证据或细节需要分析，可随时向我咨询。