结论：双倍工资超过仲裁时效后，劳动者将失去通过劳动仲裁主张该权益的法律机会，但具体处理方式需结合时效起算点、中断情形及地方司法实践综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、仲裁时效的一般规定与起算点
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。对于双倍工资争议，时效起算点需分情况讨论：
视为劳动报酬的情形
若双倍工资中的额外一倍被认定为劳动报酬（如部分地区司法实践），则劳动关系存续期间因拖欠该报酬发生的争议，劳动者申请仲裁不受一年时效限制；但劳动关系终止后，需自终止之日起一年内提出仲裁申请。
示例：劳动者2023年1月入职，公司未签合同，2024年6月离职。若将双倍工资视为劳动报酬，劳动者可在2025年6月30日前申请仲裁。
视为惩罚性赔偿的情形
若双倍工资被认定为惩罚性赔偿（如多数地区司法实践），则仲裁时效自劳动者知道或应当知道权利被侵害之日起计算，即逐月起算。
示例：劳动者2023年3月1日入职，公司未签合同。根据《劳动合同法》第八十二条，公司应自2023年4月1日起支付双倍工资。若劳动者未在2024年3月31日前申请仲裁，则2023年4月的双倍工资差额将因超过时效而无法主张。
二、仲裁时效的中断与中止
时效中断
若劳动者在时效期间内向用人单位主张权利（如发函要求补发工资）、申请调解或用人单位同意履行义务，时效将中断并重新计算一年。
示例：劳动者2023年4月发现公司未签合同，于2023年10月发函要求补发双倍工资。此时，时效从2023年10月起重新计算一年，劳动者需在2024年10月前申请仲裁。
时效中止
因不可抗力或其他正当理由（如劳动者患病无法主张权利），时效可中止，待中止原因消除后继续计算。
示例：劳动者在时效期间内因突发重病住院治疗，导致无法申请仲裁。此时，时效可中止，待劳动者康复后继续计算剩余时效。
三、地方司法实践的差异
不同地区对双倍工资仲裁时效的计算存在差异，主要分为以下两种观点：
按月分段计算时效（多数地区采用）
双倍工资差额逐月产生独立请求权，需分别计算时效。最后一个月的双倍工资差额时效从劳动关系终止或解除次日起算。
示例：劳动者2022年1月入职，未签合同，2023年6月申请仲裁。若按月分段计算，劳动者仅可主张2022年6月至2023年1月的双倍工资差额（共8个月），其余月份因时效已过而无法主张。
整体计算时效（少数地区适用）
将双倍工资差额视为整体性债权，统一从最后履行期限届满日或违法行为终了日起算时效。
示例：劳动者2022年1月入职，未签合同，2023年6月离职并申请仲裁。若整体计算时效，劳动者可主张全部11个月的双倍工资差额（2022年2月至2023年1月），前提是未超过整体时效（如从2023年1月满一年次日起算一年）。
四、维权策略与建议
及时行动
建议劳动者在劳动关系存续期间或解除后一年内提出主张，避免因时效问题丧失权益。
保留证据
保存工资条、考勤记录、工作沟通记录等材料，证明劳动关系及未签合同事实。
协商优先
通过书面形式向用人单位主张双倍工资差额，既可作为后续维权证据，也可能促使对方主动解决。
专业咨询
因各地裁判标准存在差异，建议提前向我咨询，明确管辖法院的倾向性意见，制定针对性维权策略。
总结：双倍工资超过仲裁时效后，劳动者将失去通过劳动仲裁主张该权益的法律机会。但通过合理运用时效中断、中止规则，并结合地方司法实践，劳动者仍有可能维护自身合法权益。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细解答。