核心结论：不予立案通知书3年后，其处理方式需根据具体情形判断，主要包括以下两种情况：

1. 若不予立案通知书本身存在错误或违法情形
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条，若当事人认为不予立案决定错误，可在收到通知书后7日内向原决定机关申请复议；若复议维持原决定，可在收到复议决定书后7日内向上一级公安机关申请复核。
   3年后的处理：若超过上述复议、复核期限，原则上无法通过行政程序直接撤销原决定。但若能证明原决定存在重大违法（如徇私枉法、证据造假等），可依据《行政诉讼法》第46条，在知道或应当知道行政行为违法之日起6个月内提起行政诉讼，要求撤销不予立案决定。需注意，若自原决定作出之日起超过5年，法院可能以“超过起诉期限”为由不予受理（涉及不动产的案件为20年）。

2. 若不予立案通知书合法有效，但案件出现新证据或新情况
   根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关对有犯罪事实需要追究刑事责任的案件，应当立案。若3年后发现新证据（如证人证言、物证、电子数据等）足以证明犯罪事实存在，可向原公安机关提交《立案监督申请书》，要求重新审查。若公安机关仍不立案，可向同级人民检察院申请立案监督，检察院有权要求公安机关说明不立案理由，若理由不成立，应通知公安机关立案。

补充说明：

• 时效性：刑事案件的追诉时效需单独计算。若原不予立案案件本身已超过《刑法》规定的追诉时效（如法定最高刑为5年以下有期徒刑的，追诉时效为5年），则即使发现新证据，也无法再启动刑事程序。
  
• 证据固定：若计划通过诉讼或监督程序推翻原决定，需提前固定关键证据（如原不予立案通知书的送达回证、新证据的来源证明等），避免因证据灭失导致维权困难。
  

建议：
若涉及具体案件，建议携带不予立案通知书、相关证据材料，向我进一步咨询，以便结合案情制定针对性方案。