关于您提出的“是否可以先注销农民工工资保证金户而保留农民工工资专户”的问题，这实际上涉及到两个不同账户的管理与注销规定。首先，我们需要明确农民工工资保证金户和农民工工资专户的性质和用途是有所区别的，因此它们的注销条件与流程也可能不同。
农民工工资专户： 这是专门用于支付农民工工资的账户，其设立、使用和注销都受到严格的法律法规监管。根据相关规定，农民工工资专户在满足特定条件（如工程竣工且工资全部清偿、合同解除且支付完毕、建设项目停止建设并妥善处理工资事宜等）且遵循规定流程（如公示无拖欠情况、备案与承诺、开户银行操作等）的情况下是可以注销的。但重要的是，在注销前必须确保所有农民工工资已足额支付，且不存在任何拖欠工资纠纷或潜在支付义务。
农民工工资保证金户： 这个账户通常是为了保障农民工工资支付而设立的一种保证金制度，其注销条件可能因地区和具体政策而异。一般来说，如果工程已经完工且没有拖欠农民工工资的情况，施工总承包单位可以向相关部门申请退还保证金并注销该账户。但具体流程和要求可能因地区政策而有所不同。
针对您的问题：
注销顺序：从法律法规和实际操作的角度来看，并没有明确规定必须先注销哪一个账户。但是，由于农民工工资专户直接关系到农民工的工资支付，因此在考虑注销任何账户之前，都必须确保农民工工资已经得到妥善处理。
保留农民工工资专户：如果您希望保留农民工工资专户，那么您需要确保该账户仍然符合设立的条件，并且没有违反任何相关法律法规。同时，您也需要考虑该账户的管理成本和实际需求，因为保留一个不再需要的账户可能会增加不必要的财务负担。
建议操作：在决定注销哪个账户之前，我建议您先咨询当地的人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门，了解具体的政策和流程要求。他们可以根据您的实际情况给出更具体的指导和建议。
综上所述，虽然理论上您可以先注销农民工工资保证金户而保留农民工工资专户，但具体操作时必须确保农民工工资已经得到妥善处理，并且符合相关法律法规和政策要求。因此，我建议您在做出决定前先咨询相关部门或专业人士的意见。