结论：开发商将商业排烟管道设置在住宅楼顶是否合法，需根据具体情况判断，包括是否符合规划许可、是否侵犯业主共有权、是否符合环保及安全要求等。以下从不同角度详细分析：

1. 规划许可角度：

   • 关键点：开发商在建设过程中，必须严格遵守城乡规划主管部门核发的建设工程规划许可证。若规划许可证中明确允许在住宅楼顶设置商业排烟管道，且该设置符合规划要求，则从规划许可角度看，是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十三条，建设单位应当按照规划条件进行建设；确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。
   • 建议：业主可查阅建设工程规划许可证及相关规划文件，确认排烟管道的设置是否经过规划许可。

2. 业主共有权角度：

   • 关键点：住宅楼顶通常属于业主共有部分，开发商未经业主同意，不得擅自改变其用途或设置影响业主权益的设施。若排烟管道的设置侵犯了业主的共有权，如影响楼顶使用、造成安全隐患等，则可能构成违法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。
   • 建议：业主可召开业主大会，讨论排烟管道设置问题，并依据业主大会决议采取相应措施，如要求开发商整改或提起诉讼。

3. 环保及安全角度：

   • 关键点：排烟管道的设置必须符合环保及安全要求，不得对周边环境造成污染或对业主安全构成威胁。若排烟管道排放的油烟、废气等超过环保标准，或存在安全隐患，如火灾、爆炸等，则可能构成违法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国大气污染防治法》第八十一条，排放油烟的餐饮服务业经营者应当安装油烟净化设施并保持正常使用，或者采取其他油烟净化措施，使油烟达标排放，并防止对附近居民的正常生活环境造成污染。
   • 建议：业主可向环保部门投诉，要求对排烟管道的排放情况进行检测，并根据检测结果采取相应措施。

4. 合同及物业管理角度：

   • 关键点：若业主与开发商签订的购房合同或物业管理协议中明确约定了楼顶的使用方式或限制条件，开发商设置排烟管道的行为可能违反合同约定，构成违约。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 建议：业主可查阅购房合同或物业管理协议，确认是否存在相关约定，并依据合同约定要求开发商承担违约责任。

进一步思考：在处理此类问题时，业主应首先收集相关证据，如规划许可证、购房合同、物业管理协议、排烟管道排放检测报告等，以便在协商或诉讼中维护自身权益。同时，业主也可咨询专业律师，获取更具体的法律建议和指导。若您有相关法律问题，可直接向我咨询。