结论：是否可以让保险公司代为追偿需分情况讨论，关键在于事故责任归属、保险合同条款以及维修方责任认定。以下从不同角度展开分析：

1. 若事故责任在第三方（如对方全责）

• 代位追偿的适用性：根据《保险法》第六十条，若事故由第三方造成且对方未履行赔偿义务，您可要求自己的保险公司先行赔付，再由保险公司向第三方追偿。但需注意：
  • 前提条件：需提供事故责任认定书（如交警出具的《交通事故责任认定书》），证明对方全责；
  • 维修责任：若进水是因维修方（如4S店或修理厂）未妥善修复密封导致，属于“后续损失”，可能需先向维修方主张赔偿，保险公司代位追偿的范围可能仅限于事故直接损失（如换门费用），不包括维修瑕疵引发的进水损失。

2. 若事故责任在己方（如单方事故）

• 车损险的覆盖范围：若您购买了车损险，保险公司通常需赔偿事故导致的直接损失（如换门费用）。但进水是否属于赔偿范围需看：
  • 保险条款约定：部分车损险条款可能将“因维修不当导致的损失”列为免责情形，此时保险公司可能拒赔；
  • 因果关系证明：需证明进水与事故直接相关（如事故撞击导致车门变形，进而引发密封问题），而非维修方单独过错。若能证明，可尝试要求保险公司赔偿；若不能，需向维修方索赔。

3. 向维修方索赔的路径

• 合同关系：您与维修方之间存在服务合同关系，若其未按约定修复密封（如未达到行业标准或承诺效果），构成违约，您可依据《民法典》第五百七十七条要求其承担修理、重作、赔偿损失等责任。
• 举证要点：需保留维修合同、维修记录、进水现场照片/视频、维修方承诺修复密封的证据（如聊天记录、录音）等，以证明维修方存在过错。

4. 实务建议

• 第一步：立即联系保险公司报案，说明进水情况，要求定损员查勘并明确进水原因（是否与事故或维修直接相关）；
• 第二步：若保险公司拒赔，要求其出具书面拒赔通知，并核对保险条款中关于“维修不当”“后续损失”的免责约定；
• 第三步：同步与维修方沟通，要求其重新修复密封或赔偿进水损失；若协商无果，可向当地消费者协会投诉或直接起诉。

总结：能否让保险公司代位追偿需结合事故责任、保险条款和维修方过错综合判断。建议优先通过保险公司定损明确责任，再根据结果选择向第三方、保险公司或维修方主张权利。如有进一步证据或细节需要分析，可随时向我咨询。