在轻微交通事故中，如果肇事逃逸方与对方已经协商好了，并且双方都对协商结果表示满意，这确实是一个积极且有效的解决途径。不过，为了确保双方的权益得到充分保护，并且符合法律法规的要求，以下是一些关键的处理步骤和注意事项：
一、协商内容与书面协议
协商内容：双方应详细讨论并确定赔偿的具体内容，这包括但不限于车辆维修费用、医疗费用（如果事故中有人员受伤）、以及因事故给对方造成的不便所达成的谅解等。
书面协议：务必签订一份书面的和解协议。这份协议应详细列出事故的具体情况、责任划分、赔偿金额、支付方式及时间等关键条款。双方需在协议上签字，并各自保留一份副本，以备不时之需。这是避免后续纠纷的重要措施。
二、行政处罚与合法性
行政处罚：需要明确的是，即使双方已经达成了协商和解，逃逸方仍然可能面临交通管理部门的行政处罚。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的，可由公安机关交通管理部门处以罚款，并可能并处拘留。
合法合规：在协商过程中，应确保所有内容都合法且符合相关规定。赔偿金额应合理反映实际损失，避免出现欺诈或胁迫行为。
三、告知交警部门与办理结案手续
告知交警部门：双方应将协商一致的情况及时告知负责处理该事故的交警部门。交警部门可能会对和解协议进行审查，以确认其真实性和合法性。
办理结案手续：在确认双方达成和解且无其他争议后，交警部门会按照规定办理该起事故的结案手续。
四、执行与监督
确保执行：双方应确保和解协议得到妥善执行。如果一方不遵守协议条款，另一方可以采取法律手段来维护自己的权益。
考虑见证人或监督者：为了确保协议的公正性和有效性，双方可以考虑邀请第三方（如保险公司或交警部门）作为见证人或监督者。
五、保险理赔问题
影响理赔：需要注意的是，逃逸行为可能会影响保险理赔。交强险通常会在责任限额范围内对受害人进行赔偿，但商业保险合同往往将肇事逃逸列为免责条款，因此保险公司可能会拒绝在商业险范围内赔付。
理赔申请：如果需要向保险公司报案或申请理赔，请按照保险公司的要求提供必要的文件和证据。在协商赔偿时，应充分考虑保险理赔的情况。
综上所述，虽然肇事逃逸方与对方已经协商好了，但仍然需要确保协商内容的合法性、签订书面协议、遵守相关法律法规，并注意后续流程的执行与监督以及保险理赔问题。在处理交通事故时，请保持冷静和理智，遵守法律法规，尊重他人的权益和利益。