被冻结的公司账户打回来的款项是否会退回去，这主要取决于款项的性质、冻结的原因以及相关法律法规的规定，不能一概而论。以下从几个不同角度进行分析：

1. 款项性质与冻结原因：

   • 如果款项是公司合法经营所得，且冻结是由于某种误会或错误操作导致的，那么一旦冻结原因消除（如法院解除了冻结令），款项理应不会被退回，而是会留在公司账户或按照正常流程进行使用。
   • 如果款项涉及非法活动（如洗钱、诈骗等），或者冻结是因为公司存在违法行为（如未履行法院判决、欠税等），那么款项可能会被依法没收或用于偿还债务，此时款项可能会被“退回”至相关执法机构或债权人账户，实际上对公司而言是损失。

2. 法律法规规定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院有权对被执行人的财产进行冻结、扣押等强制措施。如果款项被法院冻结，那么其处理将遵循法院的判决或裁定。
   • 如果冻结是由其他执法机构（如税务机关、公安机关等）进行的，那么款项的处理将遵循相关执法机构的规定和程序。

3. 实际操作流程：

   • 在实际操作中，如果公司认为冻结有误或款项不应被冻结，可以及时向冻结机关提出异议或申请复议。
   • 如果冻结机关认为异议或复议有理，可能会解除冻结或调整冻结范围，此时款项将不会被退回（在合法范围内）或会按照新的冻结范围进行处理。
   • 如果冻结机关维持原冻结决定，且公司未能在法定期限内通过法律途径（如诉讼、仲裁等）解决争议，那么款项可能会按照冻结机关的决定进行处理。

4. 建议与注意事项：

   • 及时沟通：一旦发现公司账户被冻结，应立即与冻结机关沟通，了解冻结原因和法律依据。
   • 保留证据：收集并保留所有与款项性质、来源和使用相关的证据，以便在需要时提供证明。
   • 寻求法律帮助：如果冻结原因复杂或涉及法律争议，建议及时咨询专业律师，以便制定合适的应对策略。

总结来说，被冻结的公司账户打回来的款项是否会退回去，取决于多种因素的综合作用。公司应密切关注冻结原因和法律法规的变化，及时采取措施保护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。