核心结论：不建议将公积金部分以工资形式发放给员工，这种做法违反了《住房公积金管理条例》的相关规定。若公司确实存在特殊情况，需要在劳动合同中备注相关内容，也需谨慎处理，并明确告知员工可能存在的风险。以下为详细解释：

1. 法律合规性角度：

   • 根据《住房公积金管理条例》的规定，单位应当为职工缴存住房公积金，这是单位的法定义务。住房公积金的缴存具有强制性，单位不得通过任何形式规避或减少缴存义务。
   • 若公司将公积金部分以工资形式发放给员工，实际上是在逃避缴存住房公积金的义务，这种做法是违法的。一旦被发现，单位可能面临住房公积金管理中心的处罚，包括责令限期缴存、罚款等。

2. 劳动合同备注建议：

   • 不建议直接备注：由于上述法律合规性问题，不建议在劳动合同中直接备注将公积金部分以工资形式发放给员工。这样的备注不仅无法起到合法保障的作用，反而可能成为单位违法的证据。
   • 若必须备注：如果公司确实存在特殊情况，需要在劳动合同中备注相关内容（尽管不推荐），可以采取一种相对模糊且不直接违反法律规定的表述方式，例如：“双方约定，除法定工资外，公司额外支付员工一定金额作为福利补贴，该补贴性质与公司应缴存的住房公积金无关。”但这样的表述仍然存在风险，因为一旦员工或监管部门认为该补贴实际上是在替代住房公积金的缴存，单位仍可能面临法律责任。

3. 风险提示与合规建议：

   • 风险提示：将公积金部分以工资形式发放给员工，不仅违反了法律规定，还可能损害员工的合法权益。员工在购房、租房等需要提取住房公积金时，将无法享受到应有的待遇。同时，单位也可能因此面临法律纠纷和声誉损失。
   • 合规建议：单位应严格遵守《住房公积金管理条例》的规定，按时足额为员工缴存住房公积金。如果确实存在经营困难等特殊情况，可以与住房公积金管理中心协商缓缴或降低缴存比例等解决方案，而不是通过违法手段来规避义务。

总结与引导：作为律师，我强烈建议公司不要采取将公积金部分以工资形式发放给员工的做法。这不仅违反了法律规定，还可能给公司和员工带来不必要的法律风险和损失。如果您在劳动合同签订或住房公积金缴存方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。