在解答您关于合作协议应该盖公章还是合同章的问题时，我们首先要明确这两种印章的性质和用途。

公章：公章是单位或组织的正式印章，具有最高的法律效力。它通常用于对外签署重要文件、合同、协议等，以证明单位或组织的身份和意愿。在合作协议上加盖公章，意味着该协议得到了单位或组织的正式认可和确认，具有较高的法律效力和可信度。

合同章：合同章是专门用于签署合同的印章，它通常用于日常的合同签署活动。虽然合同章也具有一定的法律效力，但其使用范围相对有限，主要限于合同签署领域。

合作协议的选择：

1. 法律效力考虑：从法律效力的角度来看，公章具有更高的权威性。在签署合作协议时，如果希望协议具有更高的法律效力和可信度，建议使用公章。

2. 实际使用习惯：然而，在实际操作中，许多单位或组织也会根据自身的使用习惯和内部规定来选择使用公章或合同章。如果单位或组织有明确的内部规定，要求合作协议必须加盖公章或合同章，那么应遵循这些规定。

3. 协议性质与重要性：合作协议的性质和重要性也是选择印章时需要考虑的因素。如果协议涉及重大利益、长期合作或复杂条款，建议使用公章以增强协议的法律效力和可信度。如果协议相对简单、短期或涉及利益较小，使用合同章可能更为合适。

综合建议：

• 在没有特定内部规定的情况下，为了确保合作协议的法律效力和可信度，建议优先使用公章。
• 如果单位或组织有明确的内部规定，且这些规定不违反法律法规，那么应遵循这些规定来选择使用公章或合同章。
• 在签署合作协议前，最好与对方单位或组织进行沟通，确认对方对印章使用的具体要求，以避免因印章使用不当而引发的纠纷。

总之，合作协议应该盖公章还是合同章，取决于多种因素的综合考虑。在做出选择时，应充分考虑法律效力、实际使用习惯、协议性质与重要性等因素，以确保合作协议的合法性和有效性。