在协议上盖章时，选择公章或合同章均具备法律效力，但具体选择应根据公司规定和实际情况来决定。以下是对这一问题的详细分析：
公章的法律效力及适用情形
法律效力：公章是法人权利的象征，代表着公司的整体意志和最高权威。在协议上加盖公章，表明该内容是公司正式、官方的意思表示，具有极高的法律认可度和权威性。
适用情形：公章适用于公司的重要文件、证明材料以及涉及公司重大利益或决策的协议。例如，涉及公司重大商业秘密、核心技术秘密或与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息的协议，加盖公章能凸显其重要性和严肃性。
合同章的法律效力及适用情形
法律效力：合同章是专门用于签订合同的印章，使用范围相对特定。在协议上加盖合同章，同样表明公司对协议内容的认可和承诺，具有法律效力。
适用情形：合同章更常见于一般的商业合作、业务往来或员工入职等场景下的协议。这些协议通常基于具体的合同关系或雇佣关系产生，加盖合同章是恰当的做法。例如，公司与合作伙伴的合作项目中的协议，或与员工劳动合同中的保密条款所对应的协议，加盖合同章即可满足法律要求。
选择印章的考虑因素
公司规定：公司应根据自身的管理习惯和内部规定来决定使用公章还是合同章。规模较小、业务单一的公司可能统一使用公章；而大型企业则可能因管理需要而使用合同章处理合同事务。
协议性质：根据协议的性质、重要程度以及双方的关系来综合考虑。对于重要的协议或文件，可能会更倾向于使用公章以体现其正式性和权威性；而对于日常的经济合同，则可能更多地使用合同章以提高工作效率和便捷性。
对方要求：在盖章前，务必确认对方对盖章的要求。这有助于避免后续可能出现的法律纠纷或不必要的麻烦。如果对方对盖章有明确要求，应严格遵守。
确保协议有效性的关键要素
无论选择哪种印章，确保协议的有效性还需注意以下几点：
协议内容合法：协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定。
双方意愿真实：协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
遵守法律程序：签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。
总结与建议：在协议上盖章时，公司应根据自身规定和实际情况选择使用公章或合同章。关键在于确保所选印章的真实有效性，并遵循相关法律法规和公司规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律指导。