工程履约保函反担保协议的结束时间，主要取决于主合同（即工程合同）的履行情况以及反担保协议中的具体约定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 依据主合同履行情况确定：

   • 反担保协议通常是为了保障主合同（工程合同）中履约保函的兑现而设立的。因此，反担保协议的结束时间往往与主合同的履行完毕时间紧密相关。
   • 如果主合同按照约定顺利履行完毕，且没有发生需要保函兑现的情况，那么反担保协议在主合同履行完毕后，按照协议约定或法律规定，通常会随之结束。
   • 反之，如果主合同在履行过程中出现问题，如承包商违约导致保函被兑现，那么反担保协议的结束时间可能会受到保函兑现后相关事宜处理完毕的影响。

2. 依据反担保协议中的具体约定：

   • 反担保协议本身是一个独立的合同，其结束时间可以由双方当事人在协议中明确约定。
   • 例如，协议可以约定在主合同履行完毕后的某个特定时间点结束，或者约定在保函有效期届满后结束。
   • 如果协议中没有明确约定结束时间，那么可能需要根据协议的其他条款、交易习惯或相关法律规定来确定。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果反担保协议中约定了自动续期或延长条款，那么协议的结束时间可能会相应延长。
   • 另外，如果主合同或反担保协议在履行过程中发生变更、解除或终止等情况，也可能会影响反担保协议的结束时间。

法律建议：

• 为了明确工程履约保函反担保协议的结束时间，建议您仔细审查反担保协议中的相关条款，特别是关于结束时间、主合同履行情况与反担保协议关系等方面的约定。
• 如果协议中没有明确约定或约定不明确，建议您与对方当事人协商补充约定，或者咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
• 在处理此类事务时，务必保留好相关证据和文件，以便在需要时证明自己的权益。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。