被告在庭上通常有权查看对方提交审计的公司资料，但这一权利并非绝对，需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：

一、从证据规则的角度

在诉讼过程中，证据的提交和质证是核心环节。根据一般的诉讼原则，当事人有权对对方提交的证据进行质证，这包括了解证据的来源、内容、真实性等。商定程序报告作为股东提交的证据，如果其中包含了审计的公司资料，且这些资料对于案件的审理具有关键性作用，那么被告作为诉讼的另一方，通常有权查看这些资料，以便进行充分的质证和辩论。

二、从公司资料保密性的角度

然而，公司资料往往涉及商业秘密、个人隐私等敏感信息。如果审计的公司资料包含这些敏感信息，且股东在提交商定程序报告时未对这部分信息进行适当的处理或保护，那么被告查看这些资料可能会侵犯公司的合法权益。在这种情况下，法院可能会根据具体情况，对被告查看资料的权利进行限制，比如要求被告签署保密协议、限制资料的复制和传播等。

三、从法院裁量的角度

法院在审理案件时，会根据双方的争议焦点、证据的重要性以及保护合法权益的需要，对被告查看对方提交审计的公司资料的权利进行裁量。如果法院认为被告查看这些资料对于案件的公正审理是必要的，且不会损害公司的合法权益，那么法院可能会支持被告的查看请求。反之，如果法院认为被告查看这些资料可能会带来不必要的风险或损害，那么法院可能会拒绝被告的查看请求。

法律建议

1. 提前准备：如果你作为被告，希望查看对方提交审计的公司资料，建议在庭前与法官沟通，明确你的查看请求和理由，并准备好相应的证据支持你的请求。
2. 尊重法院裁量：在诉讼过程中，要尊重法院的裁量权。如果法院拒绝了你的查看请求，不要盲目抗议或上诉，而是应该理解法院的裁量理由，并考虑通过其他途径获取所需信息。
3. 保护合法权益：如果你作为公司方，担心审计资料被泄露或滥用，可以在提交商定程序报告前对敏感信息进行适当处理或保护，并在庭上向法院说明你的担忧和理由。

在处理此类问题时，建议根据具体情况咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。