核心结论：供销社职工亲属入股企业后又退出，需根据入股与退出时的具体约定、企业性质及相关法律规定来处理后续事宜，主要包括股权转让、权益结算、合规性审查等方面。以下分情况详细说明：

1. 若入股时有明确书面协议：

   • 股权转让条款：若协议中明确规定了亲属退出时的股权转让方式（如转让给其他股东、企业回购或对外转让）、价格计算方法（如按净资产值、评估值或约定价格）及支付期限等，则应严格按照协议执行。例如，若协议约定“退出时按上一年度经审计的净资产值计算股权价值”，则需委托会计师事务所进行审计并据此结算。
   • 违约责任：若退出方或接收方未按协议履行义务（如未按时支付转让款或未配合办理变更登记），守约方可依据协议要求违约方承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等），必要时可通过诉讼或仲裁解决争议。

2. 若入股时无书面协议或协议不明确：

   • 协商解决：双方应首先通过协商确定退出方案，包括股权转让对象、价格及支付方式等。协商过程中可参考企业章程、同类交易惯例或行业规则，尽量达成一致意见以避免纠纷。
   • 企业章程优先：若企业章程对股东退出有规定（如强制回购条款、优先购买权等），则应优先适用章程规定。例如，章程可能规定“股东离职或退出时，企业需按原价回购其股权”，此时需按章程执行。
   • 法定规则补充：若无协议或章程规定，可依据《公司法》等相关法律规定处理。例如，有限责任公司股东退出时，其他股东享有优先购买权；若无人购买，退出方可将股权转让给第三方，但需其他股东过半数同意。

3. 合规性审查要点：

   • 供销社职工身份限制：需审查供销社职工或其亲属入股是否违反供销社内部规定（如禁止职工或亲属投资与供销社有竞争关系的企业）或行业监管要求（如供销社系统企业需经主管部门审批）。若存在违规，退出时可能需承担行政责任或内部处分。
   • 企业性质影响：若企业为国有企业或集体企业，退出时需遵守国有资产交易监管规定（如进场交易、评估备案等），否则可能导致股权转让无效。
   • 税务合规：退出时需依法缴纳个人所得税（如股权转让所得）或企业所得税（如企业回购股权），并办理税务申报手续。若未依法纳税，可能面临税务处罚。

4. 实务建议：

   • 完善协议：未来入股或退出时，建议签订书面协议并明确约定各方的权利义务，避免口头约定或模糊条款。
   • 合规操作：退出前应全面审查企业性质、内部规定及行业监管要求，确保退出程序合法合规。
   • 专业协助：若涉及复杂法律问题（如国有资产交易、税务筹划等），建议委托律师或会计师协助处理，以降低风险。

总结：供销社职工亲属入股企业后退出的处理需结合协议约定、企业章程及法律规定综合判断。若存在争议或合规风险，建议及时咨询专业律师以制定具体方案。