在招标主体不具备主体资格的情况下，起诉主体的确定需根据具体法律关系和诉讼目的分情况讨论，以下是详细分析：

1. 若以招标人作为被告提起合同纠纷诉讼
   根据《民法典》第465条，合同纠纷的诉讼主体应为合同相对方。若招标人未依法取得招标资格（如未办理行政审批、超越经营范围等），但已与投标人签订合同，此时合同效力可能因主体瑕疵受影响（可能无效或可撤销）。起诉主体仍应为合同上载明的招标人（即名义上的招标主体），但需在诉讼中主张其主体资格瑕疵导致合同无效或可撤销，并要求返还财产或赔偿损失。

2. 若以实际招标人作为被告提起侵权诉讼
   若招标人主体资格瑕疵导致投标人遭受损失（如投标费用、预期利益损失等），且该损失与主体资格瑕疵存在直接因果关系，可依据《民法典》第1165条提起侵权之诉。此时需证明：

   • 实际招标人存在过错（如故意隐瞒资格瑕疵）；
     
   • 投标人因该过错遭受实际损失；
     
   • 损失与过错之间存在因果关系。
     起诉主体应为实际实施招标行为并导致损害的主体（可能是名义招标人的关联方、实际控制人等）。

3. 若以行政机关作为被告提起行政诉讼
   若招标人主体资格瑕疵涉及行政许可或审批问题（如未取得招标代理机构资质），且行政机关存在违法审批行为，可依据《行政诉讼法》第25条，以作出行政行为的行政机关为被告，要求撤销违法行政许可或确认其违法。此时起诉主体应为投标人或其他利害关系人，被告为具体行政行为的作出机关。

4. 特殊情形：挂靠或代理关系中的主体确定

   • 若名义招标人系被挂靠单位，实际招标人为挂靠方，根据《民法典》第172条（表见代理）或第925条（间接代理），起诉主体可能需根据具体案情选择：
     
     • 若投标人善意且无过失，可要求名义招标人承担责任；
       
     • 若投标人明知挂靠关系，可能需直接起诉实际招标人。
       
   • 若招标人系代理人，根据《民法典》第926条，起诉主体应为被代理人（委托人），但需证明代理关系存在且投标人知情。

建议行动步骤：

1. 收集证据：包括招标文件、合同、行政审批文件、沟通记录等，证明招标人主体资格瑕疵及损失因果关系；
   
2. 明确诉讼目的：是主张合同无效、赔偿损失还是撤销行政行为，不同目的对应不同被告；
   
3. 咨询专业律师：结合具体案情（如招标类型、主体瑕疵性质、损失范围等）进一步分析诉讼策略。
   

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