结论：法院判决仅确认行政行为违法，林业部门是否可以撤销林权证，需根据具体情况判断，一般而言，若违法行政行为与林权证颁发直接相关，林业部门可依法撤销；若无关，则不可随意撤销。

分析说明：

1. 行政行为违法与林权证撤销的直接关联性：

   • 若法院判决确认的违法行政行为正是林业部门颁发林权证的行为，且该行为因违法（如程序违法、实体违法等）导致林权证颁发不当，那么林业部门在收到法院判决后，应当依法撤销该林权证。这是因为违法行政行为自始无效，基于该行为颁发的林权证也失去了合法基础。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政许可法》第六十九条：“有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：（一）行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的；……（五）依法可以撤销行政许可的其他情形。被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，应当予以撤销。” 虽然此条直接针对的是行政许可，但林权证的颁发本质上也是一种行政许可行为，因此可参照适用。

2. 行政行为违法与林权证撤销的间接关联性：

   • 若法院判决确认的违法行政行为并非直接针对林权证的颁发，而是与林权证颁发相关的其他行政行为（如林地权属确认、林业规划等），且这些行为并未直接影响林权证的合法性，那么林业部门不能仅凭此判决就撤销林权证。此时，林业部门需要综合考虑其他因素，如林权证颁发时的实际情况、相关证据等，来决定是否撤销。
   • 实践操作：在实际操作中，林业部门可能会要求林权证持有人提供相关证据，以证明其林权证的合法性。如果持有人能够提供充分证据，证明其林权证颁发时符合相关法律法规和程序要求，那么林业部门就不应撤销该林权证。

3. 程序合法性要求：

   • 无论何种情况，林业部门在决定撤销林权证时，都必须遵循法定程序。这包括通知林权证持有人、听取其陈述和申辩、进行调查取证等。只有经过合法程序，林业部门才能作出撤销决定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在作出行政处罚决定（包括撤销行政许可决定）时，必须遵循法定程序，保障当事人的合法权益。

特殊场景：

• 在某些特殊情况下，如林权证颁发后发生了林地权属变更、林业规划调整等情形，且这些变更或调整与法院判决确认的违法行政行为无关，那么林业部门在决定是否撤销林权证时，还需要考虑这些变更或调整的影响。

后续行动建议：

• 如果您是林权证持有人，且认为林业部门拟撤销您的林权证缺乏合法依据或程序不当，您可以依法向林业部门的上级机关申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 如果您是林业部门工作人员，且在处理此类案件时存在疑问或困惑，建议您及时咨询专业律师或上级机关的意见，以确保处理结果的合法性和公正性。

法律后果：

• 如果林业部门未经合法程序或缺乏合法依据就擅自撤销林权证，可能会面临行政复议被撤销、行政诉讼败诉等法律后果，同时还需要承担相应的赔偿责任。
• 如果林权证持有人因林业部门违法撤销林权证而遭受损失，其有权依法要求林业部门进行赔偿。