关于烟草证使用权转让协议是否有效的问题，这主要取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定，以下分情况讨论：
若协议内容合法且符合规定：
- 烟草专卖零售许可证（即烟草证）是烟草专卖局颁发给特定单位或个人的，允许其从事烟草制品零售业务的法律凭证。该许可证具有特定的人身属性，通常不允许随意转让。
- 如果所谓的“使用权转让”实际上是指经营权的合法流转，比如通过合法的租赁、承包或合作方式，且这种流转得到了烟草专卖局的批准或认可，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这样的协议在法律上可能是有效的。但需要注意的是，这里的“有效”更多是指协议中关于经营权流转的条款，而非直接对烟草证本身的转让。
若协议内容违法或不符合规定：
- 如果协议直接约定烟草证的转让，或者虽然名义上是“使用权转让”但实质上是烟草证的非法买卖、出租、出借等行为，那么这样的协议是无效的。因为烟草证是行政许可的产物，其转让必须遵循严格的法律程序和规定，不能通过私下协议进行。
- 此外，如果协议内容违反了其他法律法规的强制性规定，比如涉及欺诈、胁迫、恶意串通等情形，那么该协议同样无效。
法律建议：
- 在签订任何涉及烟草证使用权的协议前，务必仔细审查协议内容，确保其不违反法律法规的强制性规定。
- 如果确实需要流转烟草制品的经营权，建议通过合法的途径进行，比如与烟草专卖局协商并办理相关手续，或者通过合法的租赁、承包、合作等方式进行，并确保这些方式得到烟草专卖局的认可。
- 如果对协议的法律效力存在疑问，或者担心协议可能引发法律纠纷，建议咨询专业律师进行法律审查和风险评估。
可能法律后果：
- 如果协议无效，那么双方基于该协议所进行的交易或行为可能不受法律保护，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。
- 如果因协议无效而引发纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议，这将耗费大量的时间、精力和金钱。
总之，烟草证使用权转让协议的有效性取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。在签订此类协议时，务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。