在轻伤二级案件中，即使双方达成和解协议，也不能保证一定不会被起诉，但和解协议确实增加了不起诉的可能性。以下是对此问题的详细分析：
一、和解协议的法律基础与效果
和解程序：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于因民间纠纷引起的轻伤案件，双方当事人可以在犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，并通过赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解的基础上自愿和解。和解协议达成后，若得到公安机关的认可，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。
法律效果：和解协议本身并不直接导致不起诉，但它为检察院在审查案件时提供了重要的参考依据。如果检察院认为犯罪情节轻微，不需要判处刑罚，或者犯罪嫌疑人具有其他法定从轻、减轻情节，可能会作出不起诉决定。
二、检察院不起诉的考量因素
犯罪情节：轻伤二级案件中的犯罪情节是检察院决定是否起诉的关键因素。如果犯罪情节轻微，如邻里纠纷导致的轻伤，且加害人积极赔偿并取得被害人谅解，检察院作出不起诉决定的可能性较大。
悔罪表现：加害人的悔罪态度，包括是否主动赔礼道歉、赔偿损失等，是检察院考虑是否起诉的重要因素。真诚悔罪并积极采取补救措施，有助于增加不起诉的可能性。
被害人谅解程度：被害人的谅解是和解的关键，也是检察院决定是否起诉的重要参考。如果被害人出具了谅解书，并明确表示不再追究加害人的刑事责任，这将大大增加检察院作出不起诉决定的可能性。
其他恶劣情节：即使双方达成和解，如果加害人存在前科劣迹或在案件中有其他恶劣情节，如手段残忍、多次实施伤害行为等，检察院仍可能决定起诉，但在量刑时会考虑和解情节从轻处罚。
三、可能不起诉的具体情形
犯罪情节轻微：若轻伤二级案件中的犯罪行为刚达到轻伤标准，手段、方式等情节较为轻微，且犯罪嫌疑人积极赔偿并取得被害人谅解，检察院可能会认为其犯罪情节轻微，无需判处刑罚或可免除刑罚，从而作出不起诉决定。
检察机关酌定不起诉：检察机关在审查案件时，会综合考虑犯罪嫌疑人的认罪悔罪态度、社会危害性等。若犯罪嫌疑人自首、如实供述罪行，并积极赔偿损失取得谅解，检察机关可能会认为其社会危害性较小，无需起诉，从而作出酌定不起诉决定。
存疑不起诉：如果案件证据存在疑问，无法形成完整证据链条，或证人证言相互矛盾且无法排除合理怀疑，经补充侦查后仍无法解决问题，检察院可能作出不起诉决定。但这种情况与和解协议无直接关系，而是基于证据不足。
四、注意事项与建议
和解协议的真实性与有效性：双方在和解过程中应确保和解协议的真实性和有效性，避免虚假和解或强迫和解。虚假和解或强迫和解不仅无法达到和解的目的，还可能影响检察院对案件的判断。
积极配合调查：即使达成和解协议，犯罪嫌疑人仍应积极配合公安机关和检察院的调查工作，如实供述罪行，展示真诚的悔罪态度。
理性看待结果：无论检察院最终决定起诉还是不起诉，双方都应理性看待结果。如果决定起诉，犯罪嫌疑人应积极准备辩护；如果决定不起诉，也应珍惜这次机会，避免再次违法犯罪。
总结来说，轻伤二级案件中达成和解协议确实增加了不起诉的可能性，但具体结果仍需根据案件的具体情况、犯罪嫌疑人的表现以及法律的规定来综合判断。如果你或你身边的人遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。