监察调查终结后，法院单独办理指定管辖是合法的，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下是对这一问题的详细分析：

一、指定管辖的法律依据

指定管辖是司法机关在特定情况下，根据法律规定，将某一案件的管辖权指定给原本无管辖权的机关行使的一种制度。在监察调查终结后，若案件需要进入司法程序，且存在管辖权争议或特殊情况，法院有权根据相关法律规定进行指定管辖。

二、指定管辖的合法性条件

1. 存在管辖权争议或特殊情况：当原管辖机关因各种原因无法行使管辖权，或者案件涉及多个地区、多个机关，存在管辖权争议时，法院可以指定管辖。此外，若案件具有特殊性，如涉及国家秘密、个人隐私等，也需要指定管辖以确保案件的公正处理。
2. 遵循法定程序：法院在指定管辖时，必须遵循法定程序。这通常包括听取相关机关的意见、审查案件材料、作出指定管辖决定等步骤。法院不能随意指定管辖，而必须确保指定管辖的合法性和合理性。

三、指定管辖的实践应用

在监察调查终结后，若案件需要进入司法程序，且存在上述合法性条件，法院可以单独办理指定管辖。例如，在涉及跨地区的职务犯罪案件中，若原管辖机关与案件存在利害关系或无法有效行使管辖权，法院可以指定其他地区的法院或检察机关行使管辖权。这种做法有助于确保案件的公正处理，维护司法公正和权威。

四、注意事项

1. 确保指定管辖的合法性：法院在指定管辖时，必须确保指定管辖的合法性和合理性。这要求法院在作出指定管辖决定前，充分听取相关机关的意见，审查案件材料，确保指定管辖符合法律规定和案件实际情况。
2. 保障当事人的合法权益：指定管辖应当保障当事人的合法权益不受侵害。法院在指定管辖时，应当考虑当事人的诉讼便利和诉讼成本等因素，确保指定管辖不会给当事人带来不必要的负担和损失。
3. 加强监督与制约：指定管辖应当加强监督与制约机制的建设。法院在指定管辖后，应当加强对被指定机关的监督和指导，确保被指定机关依法行使管辖权，防止滥用职权和徇私舞弊等行为的发生。

总结来说，监察调查终结后，法院在满足一定条件并遵循法定程序的情况下，可以单独办理指定管辖。这一做法有助于确保案件的公正处理，维护司法公正和权威。若您在拆迁安置或行政纠纷领域遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。