结论：代理公司招标代理人员收取1000元是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 合法收取的情形：

   • 如果这1000元是招标代理人员按照公司规定或合同约定，合法收取的代理服务费、资料费等合理费用，并且有明确的收费依据和发票等凭证，那么这种收取行为是合法的。例如，招标代理合同中明确规定了代理服务费的金额和支付方式，招标代理人员按照合同约定收取费用，这是正常的商业行为。

2. 违法收取的情形：

   • 无合法依据收取：如果招标代理人员收取的1000元没有合法的依据，比如没有合同约定、公司规定或相关法律法规的支持，那么这种收取行为可能构成违法。例如，招标代理人员私自向投标人收取“好处费”、“咨询费”等，且没有提供相应的服务或产品，这种行为就可能涉嫌违法。
   • 违反廉洁纪律或法律法规：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标代理机构及其从业人员应当遵守廉洁纪律，不得接受投标人的财物或者其他好处。如果招标代理人员收取的1000元属于这种性质，那么不仅违法，还可能构成犯罪，如受贿罪等。具体来说，如果招标代理人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，就可能构成受贿罪。虽然1000元可能不构成“数额较大”的标准（一般受贿罪的立案标准为3万元以上，但具体标准可能因地区和案件情况而异），但如果存在多次受贿、向多人受贿等情节，或者与其他违法行为相结合，也可能受到法律的制裁。

3. 其他注意事项：

   • 公司内部管理：即使收取的1000元有合法的依据，招标代理人员也需要遵守公司的内部管理规定。如果公司规定禁止或限制收取某些费用，而招标代理人员仍然收取，那么这种行为可能违反公司规定，受到公司的内部处罚。
   • 税务合规：招标代理人员收取的费用还需要符合税务方面的规定。如果收取的费用没有依法纳税，那么可能构成偷税漏税等违法行为。

建议：

• 对于招标代理人员来说，应当严格遵守法律法规和公司规定，合法合规地收取费用，并保留好相关的收费依据和凭证。
• 对于投标人来说，如果发现招标代理人员存在违法收取费用的行为，可以向相关部门举报或投诉，维护自己的合法权益。
• 如果您或您所在的公司遇到类似问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。