结论：工资用老板个人账户发放，在员工进行劳动仲裁时，对公司可能产生多方面的影响，包括但不限于劳动关系确认、工资支付责任、违法风险及法律后果等。

详细分析：

1. 劳动关系确认：

   • 在劳动仲裁中，确认劳动关系是首要步骤。尽管工资由老板个人账户发放，但这并不改变员工与公司之间的劳动关系。仲裁机构或法院会综合考虑劳动合同、工作证、考勤记录、同事证言等多种证据来确认劳动关系。
   • 影响：公司若试图否认劳动关系，可能面临败诉风险，并需承担因此产生的法律责任。

2. 工资支付责任：

   • 无论工资是由公司账户还是老板个人账户发放，公司都负有按时足额支付员工工资的法律责任。若公司未履行这一责任，员工有权要求公司支付拖欠的工资及可能的加班费、经济补偿等。
   • 影响：公司可能面临支付拖欠工资及额外赔偿的法律后果，同时影响公司信誉和员工士气。

3. 违法风险及法律后果：

   • 税务违法：使用个人账户发放工资可能涉及逃避税务监管，如未按规定代扣代缴个人所得税等，公司可能面临税务处罚。
   • 劳动法违法：若公司未与员工签订书面劳动合同、未缴纳社会保险等，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
   • 影响：这些违法风险不仅可能导致公司面临经济处罚，还可能影响公司的正常运营和声誉。

4. 仲裁及诉讼风险：

   • 在劳动仲裁或诉讼过程中，公司需承担举证责任，证明工资支付情况、劳动关系等事实。若公司无法提供充分证据，可能面临不利裁决。
   • 影响：公司可能因此承担不必要的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。

建议：

• 规范工资支付：公司应使用公司账户发放工资，并确保按时足额支付，同时代扣代缴个人所得税等税费。
• 完善劳动合同：公司应与员工签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务，避免劳动关系纠纷。
• 遵守法律法规：公司应严格遵守劳动法、税法等相关法律法规，避免违法风险。
• 积极应对仲裁/诉讼：若面临劳动仲裁或诉讼，公司应积极应对，提供充分证据支持自己的主张，并寻求专业法律帮助。

后续行动：

若您作为公司方或员工方，在面临此类问题时，可直接向我咨询具体的法律策略和应对措施。我将根据您的具体情况，提供个性化的法律建议和服务。