在处理分公司撤销时员工劳动关系的处理问题上，这确实是一个涉及法律责任和员工权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格。这意味着，分公司在经济活动和法律责任上，都是与总公司紧密相连的。当分公司因各种原因需要撤销时，其员工的劳动关系处理就成为了一个关键问题。

一、分公司撤销时的劳动关系处理原则

1. 劳动合同的继续履行或解除：

   • 如果分公司撤销后，其业务由总公司或其他分公司承接，且员工的工作地点、工作内容等未发生实质性变化，那么原劳动合同应继续有效，由承继权利和义务的用人单位继续履行。
   • 如果分公司撤销导致劳动合同无法继续履行，如业务完全停止、员工岗位消失等，那么用人单位（即总公司或承接业务的分公司）应与员工协商解除劳动合同，并依法支付经济补偿。

2. 经济补偿的计算与支付：

   • 经济补偿的计算应依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，根据员工的工作年限和月工资标准来确定。
   • 经济补偿应由用人单位（总公司或承接业务的分公司）在解除劳动合同时一次性支付给员工。

二、分公司财产不足以清偿时的责任承担

由于分公司不具备独立法人资格，其财产归总公司所有。因此，在分公司撤销时，如果其财产不足以清偿员工的经济补偿等费用，员工有权要求总公司承担补充赔偿责任。这一原则在《中华人民共和国民法典》第七十四条第二款中有明确规定：“分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。”

三、实际操作中的注意事项

1. 及时告知与协商：

   • 分公司在撤销前，应及时告知员工相关情况，并与员工就劳动合同的继续履行或解除进行协商。
   • 协商过程中，应充分尊重员工的意愿和权益，确保协商结果的合法性和合理性。

2. 完善变更手续：

   • 如果劳动合同需要变更或解除，应及时办理相关手续，如签订变更协议、解除劳动合同通知书等。
   • 这些手续应明确双方的权利义务、经济补偿等关键条款，以避免后续纠纷。

3. 规范规章制度：

   • 用人单位应规范规章制度的制定和公示程序，确保辞退等用工决定的合法性。
   • 在处理员工劳动关系时，应严格遵守相关法律法规和规章制度，避免因举证不足或程序违法而承担不利后果。

四、案例分析

以您提供的案例为例，如果乙公司（分公司）因撤销而无法继续履行与李某的劳动合同，且乙公司的财产不足以清偿李某的经济补偿等费用，那么李某有权要求甲公司（总公司）承担补充赔偿责任。这一判决结果符合相关法律法规的规定，也体现了对员工权益的保护。

综上所述，分公司撤销时员工劳动关系的处理应遵循相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。同时，用人单位也应加强内部管理，规范用工行为，以避免不必要的法律纠纷。