公司还款协议书盖章通常是有效的，但具体有效性需结合多方面因素判断。以下从不同角度为你详细分析：

盖章行为本身的法律效力

1. 盖章代表公司意志：在法律上，公司公章是公司身份和意志的象征。当公司在还款协议书上加盖公章时，通常意味着公司认可并同意该协议的内容，愿意按照协议约定履行还款义务。因此，从盖章行为本身来看，它是具有法律效力的。

2. 盖章需符合公司规定：然而，盖章的有效性并非绝对。如果盖章行为违反了公司的内部规定，比如未经法定代表人或授权代表同意擅自盖章，或者盖章人员没有相应的授权，那么该盖章行为可能被视为无效。在这种情况下，即使协议书上加盖了公司公章，也可能无法对公司产生法律约束力。

协议书内容的合法性

1. 内容合法是前提：除了盖章行为本身外，还款协议书的内容也必须合法。如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能被视为无效或可撤销。在这种情况下，即使协议书上加盖了公司公章，也无法改变其无效或可撤销的法律后果。

2. 条款清晰无歧义：此外，协议书的条款应当清晰明确，无歧义。如果协议条款存在模糊不清或容易产生歧义的情况，那么在履行过程中可能会引发争议和纠纷。因此，在签订还款协议书时，双方应当尽量使用明确、具体的语言来表述各自的权利和义务。

其他影响协议效力的因素

1. 双方意思表示真实：除了盖章和协议内容外，双方的意思表示也是影响协议效力的关键因素。如果双方在签订协议时存在重大误解、显失公平等情形，或者一方以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，那么该协议可能被视为无效或可撤销。

2. 协议形式符合要求：根据相关法律法规的规定，某些类型的协议可能需要采用特定的形式才能产生法律效力。例如，有些协议可能需要书面形式并加盖公章才能生效。因此，在签订还款协议书时，双方应当了解并遵守相关法律法规的规定，确保协议的形式符合要求。

法律建议

1. 确保盖章行为合法有效：在签订还款协议书时，公司应当确保盖章行为符合内部规定和法律法规的要求，避免因盖章行为不当而引发法律纠纷。

2. 仔细审查协议内容：双方在签订协议前应当仔细审查协议内容，确保条款清晰明确、无歧义，并符合法律法规的强制性规定。

3. 保留相关证据：在签订和履行还款协议书过程中，双方应当保留好相关证据，如协议书原件、转账记录、沟通记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。

如果你在签订或履行还款协议书过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。