可以这样操作，但需要满足一定条件并履行相应法律程序。具体分析如下：

1. 购房合同与房产证登记人数的差异
   购房合同是买卖双方就房屋交易达成的协议，合同签订方可以是多人（如三人共同购房），但房产证登记的是房屋所有权人。根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。因此，房产证登记人数可以少于购房合同签订人数，但需所有购房人协商一致，并通过书面协议明确权利义务（如出资比例、产权份额等）。

2. 居住权的设立条件
   根据《民法典》第366条，居住权人有权按照合同约定，对他人的住宅享有占有、使用的用益物权。设立居住权需满足：

   • 书面协议：房屋所有权人（即房产证登记的两人）与居住权人（未登记在房产证上的第三人）需签订书面居住权合同，明确居住条件、期限、是否可转租等条款；
     
   • 登记生效：居住权需向不动产登记机构申请登记，未登记的居住权不发生效力（《民法典》第368条）。
     

3. 操作建议

   • 内部协议：三人应先签订书面协议，明确购房出资、产权归属（如两人各占50%份额）及第三人居住权的具体内容；
     
   • 房产证登记：按协议约定，将房屋登记在两人名下（可按份共有或共同共有）；
     
   • 居住权登记：由房产证登记的两人与第三人共同向不动产登记机构申请居住权登记，提交居住权合同、身份证明等材料。
     

4. 风险提示

   • 若未签订书面协议或未办理居住权登记，第三人的居住权益可能无法对抗后续房屋买卖、抵押等行为；
     
   • 居住权期限届满或居住权人死亡后，居住权消灭，房屋所有权人可收回房屋；
     
   • 若涉及贷款购房，需确认银行是否同意房产证登记人数与贷款人分离，以及居住权设立是否影响抵押权实现。
     

总结：通过书面协议明确权利义务，并依法办理房产证登记和居住权登记，可以实现“三人购房、两人登记、一人居住权”的安排。如有具体操作疑问，可进一步提供细节，我会为您详细解答。