公证书是否有瑕疵，一般由法院或相关仲裁机构来认定。以下从不同角度为你详细分析：

一、认定主体

1. 法院：在诉讼过程中，如果一方当事人对公证书的真实性、合法性提出异议，法院会根据相关法律规定和证据规则，对公证书进行审查。法院会考虑公证书的制作程序是否合法、公证内容是否真实、公证机构和公证员是否具备相应资质等因素，从而判断公证书是否存在瑕疵。
2. 仲裁机构：在仲裁程序中，如果双方当事人约定将争议提交仲裁解决，并且仲裁协议中涉及公证书的效力问题，仲裁机构也会对公证书进行审查。仲裁机构会依据仲裁规则和相关法律规定，对公证书的合法性、真实性进行评估，以确定其是否可以作为仲裁的依据。

二、认定标准

在认定公证书是否有瑕疵时，主要依据以下标准：

1. 公证程序是否合法：公证机构在办理公证时，必须遵循法定的程序和要求。如果公证程序存在违法或不当之处，如未核实当事人身份、未审查相关证据等，可能导致公证书被认定为有瑕疵。
2. 公证内容是否真实：公证书所记载的内容必须真实、准确。如果公证内容存在虚假或误导性信息，或者与实际情况不符，公证书也可能被认定为有瑕疵。
3. 公证机构和公证员是否具备相应资质：公证机构和公证员必须具备相应的资质和条件，才能从事公证业务。如果公证机构或公证员不具备相应资质，或者存在违规行为，其出具的公证书也可能被认定为有瑕疵。

三、法律后果

如果公证书被认定为有瑕疵，可能会产生以下法律后果：

1. 公证书失去法律效力：一旦公证书被认定为有瑕疵，其法律效力将受到影响。在诉讼或仲裁中，该公证书可能无法作为有效的证据使用。
2. 承担法律责任：如果公证机构或公证员因过错导致公证书有瑕疵，可能需要承担相应的法律责任。这包括民事赔偿责任、行政处罚等。

四、建议

1. 在办理公证时，务必选择具备相应资质的公证机构和公证员：确保公证程序的合法性和公证内容的真实性。
2. 如果对公证书的真实性或合法性有异议，及时寻求法律帮助：可以向法院或仲裁机构提出异议，并提供相关证据支持自己的观点。
3. 保留好相关证据和文件：以便在需要时能够证明自己的权益和主张。

如果你对公证书的瑕疵认定有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。