结论：实际经营者可以起诉，但具体能否胜诉及后续处理方式需根据实际情况判断，包括公章作废的合法性、实际经营者的权益受损情况等。

分析：

1. 公章的法律地位：

   • 公章是公司的重要法律文件签署工具，具有代表公司意志的法律效力。
   • 私自登报作废公章，可能构成对公司财产权的侵害，尤其是当此行为未经公司合法授权或违反公司章程、内部管理规定时。

2. 实际经营者的权益：

   • 实际经营者作为公司运营的实际负责人，其权益受法律保护。
   • 若公章被非法作废，导致实际经营者在业务开展、合同签署等方面受到阻碍或损失，实际经营者有权寻求法律救济。

3. 起诉的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司董事、监事、高级管理人员等若违反忠实和勤勉义务，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。虽然此条款直接针对的是公司内部人员，但公章作为公司财产的一部分，其非法处理同样可能引发法律责任。
   • 若公章作废行为构成侵权，实际经营者可依据《中华人民共和国侵权责任法》（现为《中华人民共和国民法典》侵权责任编）的相关规定，要求侵权人承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。

4. 起诉前的准备：

   • 实际经营者应收集证据，证明公章被非法作废的事实，以及此行为给自己造成的损失。
   • 咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性及诉讼策略。
   • 考虑是否需要先通过内部程序（如股东会、董事会决议）解决争议，或直接向法院提起诉讼。

5. 可能的法律后果：

   • 若法院认定公章作废行为非法，且给实际经营者造成了损失，侵权人可能需要承担赔偿责任。
   • 若公章作废行为涉及刑事犯罪（如伪造公司印章罪），侵权人还可能面临刑事处罚。

建议：

• 实际经营者应尽快咨询专业律师，详细了解案件情况，评估诉讼风险及收益。
• 在律师的指导下，收集相关证据，准备起诉材料。
• 考虑是否需要先通过协商、调解等方式解决争议，以降低诉讼成本和时间成本。
• 若决定起诉，应按照法律程序及时提起诉讼，并积极配合法院的审理工作。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。