立案后发现被告是精神病患者，法院会根据具体情况依法处理，主要涉及精神病鉴定与评估、刑事责任的判定以及可能的强制医疗程序。以下是详细分析：

一、精神病鉴定与评估

在发现被告可能患有精神疾病后，司法机关应迅速委托专业的法医精神病鉴定机构，对其案发时的精神状态进行全面鉴定和评估。这一步骤至关重要，因为它将直接决定后续案件的处理方向。鉴定内容主要包括确认被告在实施犯罪行为时是否处于精神病发病状态，以及其辨认和控制自己行为的能力状况。

二、刑事责任的判定

根据鉴定结果，被告的刑事责任将分为以下几种情况：

1. 无刑事责任能力：

   • 若鉴定表明被告在作案时完全不能辨认或控制自己的行为，属于无刑事责任能力人。依据《刑法》第十八条第一款，此类精神病人不负刑事责任，但应责令其家属或监护人严加看管和医疗。在必要时，政府可启动强制医疗程序。

2. 限制刑事责任能力：

   • 对于在作案时辨认或控制能力有所削弱，但尚未完全丧失的精神病人，属于限制刑事责任能力人。根据《刑法》第十八条第二款，他们应负刑事责任，但可以从轻或减轻处罚。司法机关会综合考虑案情及被告的精神状态，在量刑时作出适当裁决。

3. 具有刑事责任能力：

   • 如果鉴定结果显示被告在实施犯罪行为时精神状态正常，具有完全的辨认和控制能力，那么案件将按正常刑事诉讼程序进行，被告需承担相应的刑事责任。

此外，值得注意的是，间歇性的精神病人在精神正常的时候犯罪，同样应当负刑事责任，这是《刑法》第十八条第三款的明确规定。

三、强制医疗程序的启动与执行

对于无刑事责任能力的精神病人，在必要时，政府可启动强制医疗程序。该程序由公安机关提出强制医疗意见书，移送人民检察院审查决定。人民检察院经审查认为需要强制医疗的，会向人民法院提出申请。人民法院经审理后，可作出强制医疗的决定。

在执行强制医疗过程中，精神病人将被送往指定的医疗机构接受治疗。医疗机构应定期评估病情，并向决定强制医疗的人民法院报告。若病情改善且不再具有人身危险性，人民法院可决定解除强制医疗。同时，相关机关负有监督职责，确保强制医疗措施的正确实施和精神病人的合法权益得到保障。

四、实际案例与操作建议

案例：假设在一起故意伤害案中，立案后发现被告可能患有精神疾病。此时，司法机关应立即启动精神病鉴定程序。若鉴定结果显示被告在作案时处于精神病发病状态，无法辨认或控制自己的行为，那么被告将不负刑事责任，但应责令其家属或监护人严加看管和医疗。若被告家属或监护人无法履行看管和医疗责任，政府可启动强制医疗程序。

操作建议：

• 对于司法机关而言，应严格按照法定程序进行精神病鉴定和评估，确保鉴定结果的准确性和公正性。
• 对于被告家属或监护人而言，应积极配合司法机关的工作，履行好看管和医疗责任，确保被告得到及时有效的治疗。
• 对于社会而言，应加强对精神病人的关注和关爱，提供必要的帮助和支持，减少类似事件的发生。

综上所述，立案后发现被告是精神病患者时，应首先进行精神病鉴定与评估，然后根据鉴定结果判定其刑事责任。在整个过程中，应确保法律程序的公正性和精神病人的合法权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。