结论：清明节放假扣全勤奖是否合法，需根据具体情况判断，主要看清明节放假是否属于法定节假日以及公司全勤奖的发放规定。
分析：
法定节假日与全勤奖的关系：
- 清明节是我国的法定节假日之一，根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，清明节当天（或调整后的连续假期中的某一天）是全体公民放假的节日。
- 如果公司在法定节假日安排员工放假，这是员工的合法权益，公司不应因此扣除员工的全勤奖。全勤奖的设立通常是为了鼓励员工全勤工作，但法定节假日的休息是法定的，不应计入全勤的考核范围。
公司全勤奖的发放规定：
- 全勤奖的具体发放规定可能因公司而异，有的公司可能规定法定节假日不计入全勤考核，有的公司则可能没有明确规定。
- 如果公司的全勤奖发放规定中明确指出法定节假日休息会扣除全勤奖，那么这种规定可能涉嫌违法，因为法定节假日的休息是员工的法定权利，公司不能通过规章制度来剥夺。
- 如果公司的全勤奖发放规定中没有明确提及法定节假日的处理方式，那么根据一般原则，法定节假日的休息不应影响全勤奖的发放。
实际操作建议：
- 员工可以首先查阅公司的规章制度或员工手册，了解全勤奖的具体发放规定。
- 如果公司规章制度中存在违法或不合理之处，员工可以与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，提出异议并寻求解决方案。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例：
- 假设某公司规定全勤奖为每月200元，要求员工当月无迟到、早退、请假（包括病假、事假等）且出满勤。但该公司未明确说明法定节假日是否计入全勤考核。在这种情况下，根据一般原则，清明节等法定节假日的休息不应影响全勤奖的发放。
- 如果另一公司明确规定全勤奖的发放需扣除法定节假日的休息天数，那么这种规定可能因违法而无效。员工有权拒绝接受这种不合理的规定，并可以通过法律途径维护自己的权益。
总结与建议：
清明节放假扣全勤奖是否合法，需根据公司的全勤奖发放规定以及法定节假日的相关法律法规来判断。如果公司的规定违法或不合理，员工应积极与公司沟通并寻求解决方案；如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。