在二手房买卖中，关于个人所得税由买方承担是否合法的问题，我们可以从法律原则、税法规定以及实务操作几个方面来详细分析。
首先，从法律原则的角度来看： 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同内容由当事人自由约定，只要该约定基于双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害国家、集体和他人的合法权益，即为有效且受法律保护。因此，在二手房买卖合同中，买卖双方可以协商并明确约定税费的承担主体，包括个人所得税。
其次，从税法规定的角度来看： 《中华人民共和国个人所得税法》规定了哪些收入需要缴纳个人所得税，但并未强制规定二手房交易中的个税必须由卖方承担。在实际交易中，税费的承担方可以通过买卖双方协商确定，这符合税收法律法规的精神和实际操作惯例。虽然法定纳税义务人是卖方，但实际支付方可以通过双方协商确定，只要双方的约定不违反法律法规的强制性规定，就是合法有效的。
然而，也需要注意以下几点实务操作与风险防范：
明确约定：在签订购房合同时，双方应明确约定税费的承担方式，包括个人所得税的具体条款，如税种、税率、计算方式及支付时间等。这有助于避免后续产生争议和纠纷。
了解税法：买方在承担个税前，应充分了解相关税法规定，确保自身权益不受损害。例如，个人所得税的税率为百分之二十，买方应按照这一税率来计算并缴纳税款。
保留凭证：买方在支付税费时应当保留好相关凭证，以备不时之需。这些凭证可以作为买方已经履行支付义务的证据。
法律责任：即便约定由买方支付个人所得税，卖方仍需承担因未依法纳税而产生的法律责任。如果因为买方的支付而导致卖方未能依法履行纳税义务，税务机关在进行税务征管时，仍会按照法定要求向卖方追缴税款。
总结与建议： 综上所述，二手房买卖中约定个人所得税由买方承担是合法的，但具体承担方应根据双方协商和合同约定来确定。在实际操作中，买方应谨慎处理税费问题，确保遵守相关法律规定并保护自身权益。建议在签订购房合同前，咨询专业律师或税务顾问，以充分了解税费承担的法律后果和实际操作流程，从而确保交易的合法性和有效性。